8uml

EPSPS TIPS P126S variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uml
沉积日期 deposition_date	2023-10-18
结构标题 title	EPSPS TIPS P126S variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate
关键词 keywords	EPSP synthase, Aromatic amino acid synthesis pathway, Plant, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.95 Å
零角强度 I(0) i0	141565000.00
分子量 molecular_weight	94702.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118770 Å³
包络体积 envelope_volume	136850 Å³
水化壳体积 shell_volume	38832 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.71 Å
包络 Rg envelope_rg	28.91 Å
形状 Rg shape_rg	28.98 Å
总 Rg total_rg	29.55 Å
总原子数 total_atoms	6628
残基数 n_residues	886
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6917
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	78020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.831

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
分子量 formula_weight	47441.5 kDa
突变 mutation	P126S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7255

MAGAEEIVLQPIKEISGTVKLPGSKSLSNRILLLAALSEGTTVVDNLLNSEDVHYMLGALRTLGLSVEADKAAKRAVVVGCGGKFPVEDSKEEVQLFLGNAGIAMRSLTAAVTAAGGNATYVLDGVSRMRERPIGDLVVGLKQLGADVDCFLGTDCPPVRVNGIGGLPGGKVKLSGSISSQYLSALLMAAPLALGDVEIEIIDKLISIPYVEMTLRLMERFGVKAEHSDSWDRFYIKGGQKYKSPKNAYVEGDASSASYFLAGAAITGGTVTVEGCGTTSLQGDVKFAEVLEMMGAKVTWTETSVTVTGPPREPFGRKHLKAIDVNMNKMPDVAMTLAVVALFADGPTAIRDVASWRVKETERMVAIRTELTKLGASVEEGPDYCIITPPEKLNVTAIDTYDDHRMAMAFSLAACAEVPVAIRDPGCTRKTFPDYFDVLSTFVKN

来源 Source

来源生物 organism	Zea mays
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4577
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	SHIKIMATE-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	254.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYPHOSATE
分子量 formula_weight	170.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	621

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.532 Å
晶胞边长 b length_b	63.553 Å
晶胞边长 c length_c	70.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.87 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	85.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	48.910 Å
R 因子 r_factor	0.1575
R_work r_work	0.1565
R_free r_free	0.1859

fit	/app/data/saxs_computation/um/8uml/8uml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/um/8uml/8uml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/um/8uml/8uml.dat

EPSPS TIPS P126S variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction