8un3

;KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8un3
沉积日期 deposition_date	2023-10-18
结构标题 title	;KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) ;
关键词 keywords	GTPase, KRAS, G13D, oncogenic, HYDROLASE, ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex; HYDROLASE,ONCOPROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.92 Å
零角强度 I(0) i0	116783000.00
分子量 molecular_weight	81198.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99819 Å³
包络体积 envelope_volume	118880 Å³
水化壳体积 shell_volume	36301 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.94 Å
包络 Rg envelope_rg	26.74 Å
形状 Rg shape_rg	26.90 Å
总 Rg total_rg	27.72 Å
总原子数 total_atoms	5801
残基数 n_residues	672
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9120
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.971

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	19156.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	G13D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6239

STEYKLVVVGAGDVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-[(5M,8aS,13R)-5-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-2-{[(2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-8a,9,11,12-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-10(8H)-yl]prop-2-en-1-one ;
分子量 formula_weight	636.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	430

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.217 Å
晶胞边长 b length_b	69.217 Å
晶胞边长 c length_c	166.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	48.690 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1623
R_free r_free	0.1911

fit	/app/data/saxs_computation/un/8un3/8un3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/un/8un3/8un3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/un/8un3/8un3.dat