8urw

Cyanobacterial RNA polymerase elongation complex with NusG and CTP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 202.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8urw
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
结构标题 title	Cyanobacterial RNA polymerase elongation complex with NusG and CTP
关键词 keywords	Transcription regulation, RNAP, NusG, cryo-EM, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.31 Å
零角强度 I(0) i0	2935770000.00
分子量 molecular_weight	426700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	523710 Å³
包络体积 envelope_volume	850040 Å³
水化壳体积 shell_volume	127130 Å³
包络直径 envelope_diameter	224.7 Å
壳层 Rg shell_rg	59.37 Å
包络 Rg envelope_rg	55.24 Å
形状 Rg shape_rg	54.35 Å
总 Rg total_rg	54.32 Å
总原子数 total_atoms	29896
残基数 n_residues	3668
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2935000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8102
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	0.436
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	733800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.541; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	33814.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	29896

MTFQVECVESRTEADQGQYGRFSIEPLARGQGTTVGNALRRVLLSNLEGTAVTAVRIGGVNHEFATIPGVREDVLDILLNVRELVVHAHSPQPQIGRLRVVGPATVTAADVDFGPEVEVINPNHYIASLSEGATLEMELKVEWGTGYRAIDRSHDETTALDFLQLDAVFMPVRRVNYSVEDARVGESTAIDRLVLEVWTNGSLSPQEALSQAASCLVALFEPLKNVSVGSTHTADPEPTPESQTPIEDLQLSVRAYNCLKRAQVNSVADLLSYTYEDLLEIKNFGQKSAEEVVEALERIGIKLQESKVS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	123428.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAEQTQLAPAAFHLPDLVAIQRNSFRWFLEEGLIEELESFSPITDYTGKLELHFLGKQYKLKRPKYDVDEAKRRDGTYSVQMYVPTRLINKETGEIKEQEVFIGDLPLMTDRGTFIINGAERVIVNQIVRSPGVYYKSERDKNGRLTHNASLIPNRGAWLKFETDKNGLVWVRIDKTRKLSAQVLLKALGLSDNEIYDKLRHPEYYQKTIDKEGQFSEDEALMELYRKLRPGEPPTVSGGQQLLESRFFDPKRYDLGRVGRYKLNKKLGLNVADTVRTLTSEDILAAIDYLINLELDLGGCEVDDIDHLGNRRVRSVGELLQNQVRVGLNRLERIIRERMTVSDSDSLSPASLVNPKPLVAAIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGFAVRDIHPSHYGRICPIETPEGPNAGLIGSLATHARVNDYGFIETPFWRVEEGRVRKDLAPVYMTADQEDDLRVAPGDVATDDAGYILGTTIPVRYRQDFTTTTPERVDYVALSPVQIISVATSLIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPLLRPERPLVGTGLEPQAARDSGMVITSPVDGTISYVDATHIEVTADTGEKYGYALQKYQRSNQDTCLNQRPIVFEGDRVQRGQVIADGSATEKGELALGQNILVAYMPWEGYNYEDAILISERLVYDDVYTSIHIEKFEIEARQTKLGPEEITREIPNVGEDALRQLDENGIIRVGAWVESGDILVGKVTPKGESDQPPEEKLLRAIFGEKARDVRDNSLRVPNGEKGRVVDVRLFTREQGDELPPGANMVVRVYVAQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIISRILPCEDMPYLPDGTPLDIVLNPLGVPSRMNVGQVFECMLGWAGQLLDARFKVTPFDEMYGAEASRLTVNAKLSEAREQTGQPWVFSDDEPGKIQVYDGRTGEPFDRPVTVGRAYMLKLVHLVDDKIHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQQGGQRFGEMEVWALEAYGAAYILQELLTVKSDDMQGRNEALNAIVKGKAIPRPGTPESFKVLMRELQSLCLDIAVYKASTEDYEEDKEVDLMADVNQRRTPSRPTYESMSVGDIDDDDD

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
分子量 formula_weight	71054.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAKQEQRFDYVKIALASPERIRQWGERTLPNGQVVGEVTKPETINYRTLKPEMDGLFCEKIFGPAKDWECHCGKYKRVRHRGIVCERCGVEVTESRVRRHRMGFIKLAAPVAHVWYLKGIPSYIAILLDMPLRDVEQIVYFNSYVVLNPGNHSELQYKQLLNEDQWMEIEDQIYAEESDLEGIEVGIGAEALQQLLQDLNLNEESEKLRQEIAESKGQKRAKLIKRLRVIDNFIGTESRPEWMVLNVIPVIPPDLRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLARLQEILAPEIIVRNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRTVVGANNRPLKSLSDIIEGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPNLKIHQCGLPREMAIELFQPFVIHRLIKNHSINNIKQAKKLIQKNDPLIWDVLEEVIEGHPVMLNRAPTLHRLGIQAFEPILVEGRAIQLHPLVCPAFNADFDGDQMAVHVPLSIEAQAEARMLMLASGNILSPATGQPIVTPSQDMVLGCYYLTAENPGAQKGAGRYFANLEDAIRAFEQGSVDLHAWVWVRFDGEVESEGESDEPESVVAADDGTVTKTYRFRRIRETEDGQRLSQYVKTTPGRILFNNTVQTALIH

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	8788.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLQRFDLDSQDLLFKAESLIVNSTNRYHVTLQIARRAKQARYEEMENLSEETGIKPVLRAILEMSDELNQPEIIGG

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	144006.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAEAKSAPIFRNRVIDKKQLKKLIGWTFAHYGTAKTAVVADDLKALGFRYATRAGVSISIDDLKVPGSKAELLESAEKRIQETEDRYTRGEITEVERFQKVIDTWANTNDELTDRVVKNFRESDPLNSVYMMAFSGARGNISQVRQLVGMRGLMANPQGEIIDLPIKTNFREGLTVTEYIISSYGARKGLVDTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIIHEVDCGTSRGLFVEAMTDGDRILIPISQRLLGRVTAEAVLDPSTDEVLAEAGQDINEDLANRIEKAGIKKVKVRSPLTCEAARSVCQKCYGWSLAHAQMVDMGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVFTGETARLLRAPVAGTIKLGKKARTRPYRTRHGEEALLAEANFDLVLEGKGRKETFAILQGSTIFVQDGDKVAAEAILAEVPVSGRTKRTVEKATKDVATDLAGEIRFQDIVPEEKTDRQGNTTRIAQRGGLLWVLAGDVYNLLPGAEPTVKNGDRVEVGDVLAETKLTTERGGTVRMGEDNGSSTHREVEIITASVVLDTATVKAEASQGREHYVIETKGGQRFNLLAAPGTKVTTGHVVAELIDSRYRTQTGGLLKYSGVEISKKGRAKAKQGYEVTKGGTLLWIPEETHEVNKDISLLNVEDGQLVEAGTEVVKDIFCQTTGIVSVTQNNDILREIVIKPGDVHVLDDPDTAAKYDEGRLVNAGEEVFPGLTAEQLVWAEAVDGTDGPLLLLRPVQELVIPDEPPVPSQDSSQESSSRSIRLRAVQRLQFQDGERIKSVEGVDLLRTQLVLESEEGSSQLSADIELLPDSKDPETLRLQLVIIEPVVIRRDVASDTTHGSTHTELRVKDGQKVKPGAVIACTQIQCKEAGVVRGIQEGSEAVRRLLVERERDCVTLDLDVTAATQLQPGSLIVAGTQLVDGIIAPESGEVRAIAPGQLQLRIARPYRVSQGAVLHVEDKGLVQRGDNLVLLVFERAKTGDIIQGLPRIEELLEARKPKEACILARRPGVAHINYSDDDAIDIQVIEADGTQADYPVGPGQPLIISDGETVDAGQALTDGPANPHDLLEIYYDYFREQLGEDYEAALESLRRVQALLVNEVQSVYQSQGIDISDKHIEVIVRQMTSKVRIDDGGDTIMLPGELHELREVYNSNNTMALTGMAPAQFTPVLLGITKASLNTNSFISAASFQETTRVLTEAAIEGKSDWLRGLKENVIIGRLIPAGTGFKAYEESLLTDVDGGYEDRVYDDDLADVVIDDRAARSYTLNEGRDFSRSMTFAEGESMILDDGEELIDDSSASLRNLVDVDED

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Transcription termination/antitermination protein NusG
分子量 formula_weight	23117.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTDQYEEQLLSADDSVASEKARWYAVQVASGCEKRVKATLEQRVQTLDAANRILQVEIPETPIVKLKKDGSRQSAEEKVFPGYVLVRMILDDDAWQIVRNTPHVINFVGAEQKRPYGRGRGHVKPMPLSPGEVGRIFKRAQEQKPTVKIDLAEGDQILVLSGPFKDFEGTVIEVSPERSKLKALLSIFGRDTPVELEFNQVQKQN

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12380.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

GGGCGCATGCTGCTCTAGGAGAGGTACACGGCGACTGCCC

Entity 8 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12251.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGGCAGTCGCCGTGTACCTCTCCTAGAGCAGCATGCGCCC

Entity 9 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPGPAPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6863.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AGCAUUCAAAGAGGAGAGGUA

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	483.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	132172

fit	/app/data/saxs_computation/ur/8urw/8urw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ur/8urw/8urw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ur/8urw/8urw.dat

Cyanobacterial RNA polymerase elongation complex with NusG and CTP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)