8us0

Human antibody S8V1-157 in complex with the A/American black duck/New Brunswick/00464/2010(H4N6) HA head domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 191.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8us0
沉积日期 deposition_date	2023-10-27
结构标题 title	Human antibody S8V1-157 in complex with the A/American black duck/New Brunswick/00464/2010(H4N6) HA head domain
关键词 keywords	virus, antibody, influenza, fab, fragment antigen-binding, protection, IMMUNE SYSTEM, Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex; Viral Protein/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.50 Å
零角强度 I(0) i0	3210920000.00
分子量 molecular_weight	470350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	585740 Å³
包络体积 envelope_volume	914610 Å³
水化壳体积 shell_volume	125010 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.2 Å
壳层 Rg shell_rg	63.67 Å
包络 Rg envelope_rg	58.68 Å
形状 Rg shape_rg	60.50 Å
总 Rg total_rg	60.57 Å
总原子数 total_atoms	33101
残基数 n_residues	4232
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.3 Å
Rg (实空间) rg_real	60.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3214000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8664
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	88.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	258300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.744

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	32300.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	33101

VAAQELVESQHLPELCPSPLRLVDGQTCDIVNGALGSPGCDHLNGAEWDIFIERPTAVDTCYPFDVPDYQSLRSILANNGKFEFIAEEFQWSTVKQNGKSGACKRANVNDFFNRLNWLTKSDGNAYPLQNLTKINNGDYARLYIWGVHHPSTDTEQTNLYKNNPGRVTVSTKTSQTSVVPNIGSRPWVRGQSGRISFYWTIVEPGDLIVFNTIGNLIAPRGHYKLNSQKKSTILNTAVPIGSCVSKCHTDRGSITTTKPFQNISRISIGDCPKYVKQGSLKLATGGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	human antibody S8V1-157 light chain
分子量 formula_weight	24126.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,I,C,R,F,L

ASDIVMTQSPSSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNGYNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSNRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCKQALQTLYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	human antibody S8V1-157 heavy chain
分子量 formula_weight	24775.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,K,N,Q,E

ASEVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKVSGYRLTALSMHWVRQAPGKGLEWMGGFDPEEDETIYAQNFQGRVTLTEDTSTDTVYMELSSLRSEDTGVYYCATLMGANPFDYWGQGTLIIVSGASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.920 Å
晶胞边长 b length_b	241.540 Å
晶胞边长 c length_c	144.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.330 Å
R 因子 r_factor	0.2481
R_work r_work	0.2457
R_free r_free	0.2926

fit	/app/data/saxs_computation/us/8us0/8us0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/us/8us0/8us0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/us/8us0/8us0.dat

Human antibody S8V1-157 in complex with the A/American black duck/New Brunswick/00464/2010(H4N6) HA head domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)