8uta

yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with proflavine bound to Fab BL3-6 S97N

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 200.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uta
沉积日期 deposition_date	2023-10-30
结构标题 title	yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with proflavine bound to Fab BL3-6 S97N
关键词 keywords	riboswitch, azaaromatic, translation, antibody, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.80 Å
零角强度 I(0) i0	821738000.00
分子量 molecular_weight	175950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193650 Å³
包络体积 envelope_volume	354460 Å³
水化壳体积 shell_volume	55890 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.77 Å
包络 Rg envelope_rg	54.37 Å
形状 Rg shape_rg	55.66 Å
总 Rg total_rg	56.07 Å
总原子数 total_atoms	12024
残基数 n_residues	1131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	820900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8332
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.478
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.002
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	16400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.703

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	yjdF RNA (R. gauvreauii)
分子量 formula_weight	41114.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N,R
原子数 atom_count	12024

GGACAAAGAUAAAAACACAACGUAUGGCGAAACACGUCAUACAGAUCCGGUAGGUAGUCCGGACAUAAACAGCGGUAUAAAGCGCUGUUUAUAAGUAACCUUCCUCCUUAGGUCGUCCAUUCUUUGUC

Entity 2 polymer

描述 description	Fab BL3-6 S97N heavy chain
分子量 formula_weight	24766.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFYISYSSIHWVRQAPGKGLEWVASISPYSGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARQGYRRRSGRGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Fab BL3-6 S97N light chain
分子量 formula_weight	23421.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSFPNTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROFLAVIN
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.873 Å
晶胞边长 b length_b	75.138 Å
晶胞边长 c length_c	95.727 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	87.25 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	87.72 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	63.790 Å
R 因子 r_factor	0.2272
R_work r_work	0.2243
R_free r_free	0.2691

fit	/app/data/saxs_computation/ut/8uta/8uta.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ut/8uta/8uta.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ut/8uta/8uta.dat

yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with proflavine bound to Fab BL3-6 S97N

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)