8uuc

Crystal structure of a bacterial clusterless MutYX bound to an Abasic site analog (THF) opposite d(8-oxo-G)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uuc
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	Crystal structure of a bacterial clusterless MutYX bound to an Abasic site analog (THF) opposite d(8-oxo-G)
关键词 keywords	DNA glycosylase, Base Excision Repair, DNA-protein complex, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.18 Å
零角强度 I(0) i0	30443100.00
分子量 molecular_weight	37880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45427 Å³
包络体积 envelope_volume	53215 Å³
水化壳体积 shell_volume	21993 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.82 Å
包络 Rg envelope_rg	20.53 Å
形状 Rg shape_rg	20.20 Å
总 Rg total_rg	20.90 Å
总原子数 total_atoms	2709
残基数 n_residues	294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8425
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.091
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	6307000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.656; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenine DNA glycosylase
分子量 formula_weight	30645.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3033

GHMAFVERVRTQGALLYRDLPWRNLDDPYAVLVSEVMLQQTQVVRVGKYWNRFMGMFPTIDALAAASTADVLAQWQGLGYNRRALALKRTAEVCSAERGGTLPATNEELQALPGIGPATAAGVMAFAYNRPGVYLETNVRTVFLHELFADREKVSDRELWPLVEATCPEDDARAWYYALLDYGAHLKAVVANPSRRSAHHTRQSTFEGSRRQKRAELVRLVLAEPGIGIDELAERLDAFERDAGRKGVDAATFTSIVADLVAEGFFRREGDAFFA

来源 Source

来源生物 organism	Eggerthella sp. YY7918
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	502558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPGPAPCP(8OG)PTPGPGPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3423.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAGACGTGGAC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPCPCPAP(3DR)PGPTPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3191.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGTCCANGTCT

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	269

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.832 Å
晶胞边长 b length_b	84.137 Å
晶胞边长 c length_c	225.742 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	37.620 Å
R 因子 r_factor	0.1773
R_work r_work	0.1762
R_free r_free	0.1971

fit	/app/data/saxs_computation/uu/8uuc/8uuc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uu/8uuc/8uuc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uu/8uuc/8uuc.dat

Crystal structure of a bacterial clusterless MutYX bound to an Abasic site analog (THF) opposite d(8-oxo-G)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)