8uur

Structure of Serratia proteamaculans antifeeding prophage mini-fibre (AfpX13)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.1 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uur
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
最后修订 last_revision	2025-08-27
结构标题 title	Structure of Serratia proteamaculans antifeeding prophage mini-fibre (AfpX13)
关键词 keywords	Anti-feeding prophage, Fibre foot, Cell binding, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.67 Å
零角强度 I(0) i0	86334900.00
分子量 molecular_weight	73895.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91871 Å³
包络体积 envelope_volume	120310 Å³
水化壳体积 shell_volume	27282 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.84 Å
包络 Rg envelope_rg	43.11 Å
形状 Rg shape_rg	42.73 Å
总 Rg total_rg	42.33 Å
总原子数 total_atoms	5163
残基数 n_residues	720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3884
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.564
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.814
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6839000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.255; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.142; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	AfpX13
分子量 formula_weight	28811.5 kDa
突变 mutation	residues 125-438 deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5383

GAMTDKTPQNQAENPVNTPTTLTDTTDTARDGELKSRALPQADALKERFKAGSIPLQTDFADLVDLANMGRQAVGGTEGQTGPANGFTLSLEGRLELKPNAAKGIVVDKDGIAVKVEASKGLQVTASGVSVQAGDGISVAGTGVAVKVEASKGLQVTSNGVGLNNTAWIKMMCGLHNATFYVSDTYVCVFFCNHSTGCTAYVYGRGGYYLSMYKGDVKLNSVDHNEIISMVGSGSIAAATMVSWKSTKAAAGISFKYLGKNLITSTSHSGSVTLVAAP

来源 Source

来源生物 organism	Serratia proteamaculans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28151
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	220

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.556 Å
晶胞边长 b length_b	68.409 Å
晶胞边长 c length_c	132.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	45.470 Å
R 因子 r_factor	0.2197
R_work r_work	0.2173
R_free r_free	0.2636

fit	/app/data/saxs_computation/uu/8uur/8uur.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uu/8uur/8uur.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uu/8uur/8uur.dat

Structure of Serratia proteamaculans antifeeding prophage mini-fibre (AfpX13)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction