8ux6

Structure of Fab201 with a T. parva sporozoite neutralizing B cell epitope of p67

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ux6
沉积日期 deposition_date	2023-11-08
结构标题 title	Structure of Fab201 with a T. parva sporozoite neutralizing B cell epitope of p67
关键词 keywords	neutralizing antibody, protozoan, sporozoite, cell invasion, immunity, West Coast Fever, cattle, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.20 Å
零角强度 I(0) i0	139920000.00
分子量 molecular_weight	94158.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117380 Å³
包络体积 envelope_volume	158750 Å³
水化壳体积 shell_volume	39103 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.89 Å
包络 Rg envelope_rg	33.26 Å
形状 Rg shape_rg	34.20 Å
总 Rg total_rg	34.70 Å
总原子数 total_atoms	6616
残基数 n_residues	884
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.722
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.793

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab201 light chain
分子量 formula_weight	23482.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	7202

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYYAPITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Fab201 heavy chain
分子量 formula_weight	23095.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNISSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISPYYSSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGPGYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	p67 protein
分子量 formula_weight	4215.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GTGGGSLRGLDLSEEEVKKILDEIVKDPSDGELGLGDLSDP

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	487

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.010 Å
晶胞边长 b length_b	75.560 Å
晶胞边长 c length_c	90.591 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.26 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	76.08 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.520 Å
R 因子 r_factor	0.2058
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/ux/8ux6/8ux6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ux/8ux6/8ux6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ux/8ux6/8ux6.dat

Structure of Fab201 with a T. parva sporozoite neutralizing B cell epitope of p67

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)