8uy2

Methylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum DSM 1495, AdoMet-bound, Inhibited (T) State

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uy2
沉积日期 deposition_date	2023-11-12
结构标题 title	Methylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum DSM 1495, AdoMet-bound, Inhibited (T) State
关键词 keywords	;methylenetetrahydrofolate reductase, NADPH activity, oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor cobalamin binding, one-carbon metabolism, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.36 Å
零角强度 I(0) i0	1030490000.00
分子量 molecular_weight	260630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	323250 Å³
包络体积 envelope_volume	426190 Å³
水化壳体积 shell_volume	76623 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.48 Å
包络 Rg envelope_rg	43.26 Å
形状 Rg shape_rg	44.34 Å
总 Rg total_rg	44.72 Å
总原子数 total_atoms	35546
残基数 n_residues	2217
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1031000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.078
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.677
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	157500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
分子量 formula_weight	70256.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.20
突变 mutation	R315A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	35914

SNAMHIRDMLAEAERTGEPSFSFEYFPPKTAQGVQNLYDRMERMYNYGPKFIDITWGAGGRVAELTCEMVVQAQAYLGLETCMHLTCTDMGVERINDALRKAYKAGCTNILALRGDPPRDKEKWEAAKDGFRYAKDLVAHIRKEYGDHFDIGVAGYPEGCDDNKDEDLLLDHLKEKVDMGAGFIVTQMFYDVDNFLRWVKKVRERGISVPIVPGIMPIATYASFLRRANHMKCKIPEEWMAKLEPVKNDDVAVREIGKTLVADMCRKILDAGIRHLHFYTMNLAQATRMVLEELNWLPSPDRPLKHALPWKQSLGFGARGEDVRPIFWRNRNKSYVARTQDWDEFPNGRWGDSRSPAFGELDAYGVGLTGSNEQNRERWGEPKCIRDIANLFIRYLRKEIDYLPWSEAPVADEADLIKDELIDLNRRGLITVNSQPAVNGAKSNHPVHGWGPSNGYVYQKAYLEFFVSPELYPEIKRRIESHPDLTYHAVTKSGNLETNAQSDGPNAVTWGVFPGKEIVQPTIVERISFLAWKDEAYHLGMEWARCYDAGSPSRVLLEEMMNTWWLVNIVNNDFHQGNTLFEILKGLEVTDLDKVPETQANGTNGVSNGVKASETSV

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	335

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.656 Å
晶胞边长 b length_b	149.948 Å
晶胞边长 c length_c	171.056 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	74.974 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1873
R_free r_free	0.2027

fit	/app/data/saxs_computation/uy/8uy2/8uy2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uy/8uy2/8uy2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uy/8uy2/8uy2.dat