8uy5

[ZP] Self-assembling DNA crystal with expanded genetic code using C,A,T,G, Z and P nucleotides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uy5
沉积日期 deposition_date	2023-11-13
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	[ZP] Self-assembling DNA crystal with expanded genetic code using C,A,T,G, Z and P nucleotides
关键词 keywords	Tensegrity triangle, DNA nanotechnology, synthetic biology, AEGIS, DNA, ZP; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.39 Å
零角强度 I(0) i0	8172500.00
分子量 molecular_weight	13000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12519 Å³
包络体积 envelope_volume	20290 Å³
水化壳体积 shell_volume	9731 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.66 Å
包络 Rg envelope_rg	21.52 Å
形状 Rg shape_rg	21.33 Å
总 Rg total_rg	21.73 Å
总原子数 total_atoms	861
残基数 n_residues	40
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8172000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7062
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.627
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	602800.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.368; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.104; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPAPGPCPCPTP(DP)PTPAPCPGPGPAPCPAPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6457.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	861

GAGCAGCCTXTACGGACATCA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPGPTPAP(DZ)P*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2126.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCGTAXA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPCPTPGPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2129.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGCTGCT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPGPAPTPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2128.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTGATGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.274 Å
晶胞边长 b length_b	106.274 Å
晶胞边长 c length_c	94.462 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.562 Å
最低分辨率 resolution_low	20.080 Å
R 因子 r_factor	0.1526
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.1723

fit	/app/data/saxs_computation/uy/8uy5/8uy5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uy/8uy5/8uy5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uy/8uy5/8uy5.dat

[ZP] Self-assembling DNA crystal with expanded genetic code using C,A,T,G, Z and P nucleotides

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)