8uz1

Straight actin filament from Arp2/3 branch junction sample (ADP-BeFx)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 232.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uz1
沉积日期 deposition_date	2023-11-14
结构标题 title	Straight actin filament from Arp2/3 branch junction sample (ADP-BeFx)
关键词 keywords	actin, arp2/3, cytoskeleton, branch, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.55 Å
零角强度 I(0) i0	2067630000.00
分子量 molecular_weight	377820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	470830 Å³
包络体积 envelope_volume	671440 Å³
水化壳体积 shell_volume	86972 Å³
包络直径 envelope_diameter	293.3 Å
壳层 Rg shell_rg	55.15 Å
包络 Rg envelope_rg	75.53 Å
形状 Rg shape_rg	75.56 Å
总 Rg total_rg	75.11 Å
总原子数 total_atoms	52518
残基数 n_residues	3339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	232.9 Å
Rg (实空间) rg_real	73.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2047000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7286
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.626
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0280
最高正则化参数 α highest_alpha	95810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.507; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.792; Smooth: 0.148

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41516.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	52518

ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	543085

fit	/app/data/saxs_computation/uz/8uz1/8uz1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uz/8uz1/8uz1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uz/8uz1/8uz1.dat