8uz9

Fundamental Characterization of Chelated and Crystallized Actinium in a Macromolecular Host

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uz9
沉积日期 deposition_date	2023-11-14
结构标题 title	Fundamental Characterization of Chelated and Crystallized Actinium in a Macromolecular Host
关键词 keywords	inhibitor, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.57 Å
零角强度 I(0) i0	56552700.00
分子量 molecular_weight	60131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75344 Å³
包络体积 envelope_volume	97540 Å³
水化壳体积 shell_volume	28027 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.10 Å
包络 Rg envelope_rg	29.22 Å
形状 Rg shape_rg	29.53 Å
总 Rg total_rg	30.37 Å
总原子数 total_atoms	4208
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.799
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.835

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
分子量 formula_weight	20556.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4247

QDSTSDLIPAPPLSKVPLQQNFQDNQFQGKWYVVGLAGNAILREDKDPQKMYATIYELKEDKSYNVTSVLFRKKKCDYWIRTFVPGSQPGEFTLGNIKSYPGLTSYLVRVVSTNYNQHAMVFFKKVSQNREYFKITLYGRTKELTSELKENFIRFSKSLGLPENHIVFPVPIDQCIDG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	Actinium Ion
分子量 formula_weight	227.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	;N,N'-butane-1,4-diylbis[1-hydroxy-N-(3-{[(1-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-2-yl)carbonyl]amino}propyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-2-carboxamide] ;
分子量 formula_weight	750.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.855 Å
晶胞边长 b length_b	114.855 Å
晶胞边长 c length_c	119.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	48.120 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2246
R_free r_free	0.2548

fit	/app/data/saxs_computation/uz/8uz9/8uz9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uz/8uz9/8uz9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uz/8uz9/8uz9.dat