8uzp

Crystal Structure of the Computationally Designed Influenza Hemagglutinin Epitope Scaffold stem_mimetic_01 bound by Antibody CR9501

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uzp
沉积日期 deposition_date	2023-11-16
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Crystal Structure of the Computationally Designed Influenza Hemagglutinin Epitope Scaffold stem_mimetic_01 bound by Antibody CR9501
关键词 keywords	Antibody, antigen, influenza, computational design, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.74 Å
零角强度 I(0) i0	247040000.00
分子量 molecular_weight	123430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153330 Å³
包络体积 envelope_volume	214360 Å³
水化壳体积 shell_volume	50184 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.35 Å
包络 Rg envelope_rg	36.32 Å
形状 Rg shape_rg	36.70 Å
总 Rg total_rg	37.17 Å
总原子数 total_atoms	8683
残基数 n_residues	1139
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	247000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6592
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.545
峰度 Kurtosis kurtosis	0.173
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.0760
最高正则化参数 α highest_alpha	20310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 0.893; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.465

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CR9114 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	27780.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	8718

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKSSGGTSNNYAISWVRQAPGQGLDWMGGISPIFGSTAYAQKFQGRVTISADIFSNTAYMELNSLTSEDTAVYFCARHGNYYYYSGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSENLYFQGSWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CR9114 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	22840.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

QSALTQPPAVSGTPGQRVTISCSGSDSNIGRRSVNWYQQFPGTAPKLLIYSNDQRPSVVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEAEYYCAAWDDSLKGAVFGGGTQLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	stem_mimetic_01
分子量 formula_weight	19442.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,E

PEVTDQLEWQSNQPWEQALNRFWDYLRWVQTLSDQVQEELQSSQVTQELTALMEDTLTEAIAYMKELEEQLGPVAEETRLKLTQNVIDAITNLVNDMAELRNRLGQYRNEVHTMLGQSTEEIRARLSTHLRKMRKRLMRDAEDVQKALAVYKAGASGSGWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	269.004 Å
晶胞边长 b length_b	55.943 Å
晶胞边长 c length_c	92.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.711 Å
最低分辨率 resolution_low	37.790 Å
R 因子 r_factor	0.1985
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/uz/8uzp/8uzp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uz/8uzp/8uzp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uz/8uzp/8uzp.dat

Crystal Structure of the Computationally Designed Influenza Hemagglutinin Epitope Scaffold stem_mimetic_01 bound by Antibody CR9501

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)