8v05

Crystal structure of mouse PLD3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v05
沉积日期 deposition_date	2023-11-17
结构标题 title	Crystal structure of mouse PLD3
关键词 keywords	PLD3, phospholipase, phosphohistidine, nuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.27 Å
零角强度 I(0) i0	43097000.00
分子量 molecular_weight	49978.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62129 Å³
包络体积 envelope_volume	72369 Å³
水化壳体积 shell_volume	27280 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.21 Å
包络 Rg envelope_rg	21.77 Å
形状 Rg shape_rg	21.27 Å
总 Rg total_rg	22.20 Å
总原子数 total_atoms	6889
残基数 n_residues	426
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7919
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.299
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9237000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	;5'-3' exonuclease PLD3 ;
分子量 formula_weight	51856.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7169

HHHHHHGPLVDVASNEQKLISEEDLASMTGGQQMGRDIEGRGDLHLFGPNQRPAPCYDPCEAVLVESIPEGLEFPNATTSNPSTSQAWLGLLAGAHSSLDIASFYWTLTNNDTHTQEPSAQQGEEVLQQLQALAPRGVKVRIAVSKPNGPLADLQSLLQSGAQVRMVDMQKLTHGVLHTKFWVVDQTHFYLGSANMDWRSLTQVKELGVVMYNCSCLARDLTKIFEAYWFLGQAGSSIPSTWPRSFDTRYNQETPMEICLNGTPALAYLASAPPPLCPSGRTPDLKALLNVVDSARSFIYIAVMNYLPTMEFSHPRRFWPAIDDGLRRAAYERGVKVRLLISCWGHSDPSMRSFLLSLAALHDNHTHSDIQVKLFVVPTDESQARIPYARVNHNKYMVTERASYIGTSNWSGSYFTETAGTSLLVTQNGHGGLRSQLEAVFLRDWESPYSHDLDTSANSVGNACRLL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CYSTEINE
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.163 Å
晶胞边长 b length_b	94.163 Å
晶胞边长 c length_c	109.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	47.080 Å
R 因子 r_factor	0.2081
R_work r_work	0.2063
R_free r_free	0.2431

fit	/app/data/saxs_computation/v0/8v05/8v05.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v0/8v05/8v05.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v0/8v05/8v05.dat