8v1u

;Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v1u
沉积日期 deposition_date	2023-11-21
结构标题 title	;Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide ;
关键词 keywords	ADENYLATION DOMAIN, METALLOENZYME, LIGASE, LIGASE-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN; LIGASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.35 Å
零角强度 I(0) i0	126008000.00
分子量 molecular_weight	81562.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99228 Å³
包络体积 envelope_volume	122690 Å³
水化壳体积 shell_volume	37563 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.83 Å
包络 Rg envelope_rg	26.35 Å
形状 Rg shape_rg	26.38 Å
总 Rg total_rg	27.09 Å
总原子数 total_atoms	11035
残基数 n_residues	680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA ligase 1
分子量 formula_weight	71956.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
突变 mutation	F872A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11600

SNDMDPSGYNPAKNNYHPVEDACWKPGQKVPYLAVARTFEKIEEVSARLRMVETLSNLLRSVVALSPPDLLPVLYLSLNHLGPPQQGLELGVGDGVLLKAVAQATGRQLESVRAEAAEKGDVGLVAENSRSTQRLMLPPPPLTASGVFSKFRDIARLTGSASTAKKIDIIKGLFVACRHSEARFIARSLSGRLRLGLAEQSVLAALSQAVSLTPPGQEFPPAMVDAGKGKTAEARKTWLEEQGMILKQTFCEVPDLDRIIPVLLEHGLERLPEHCKLSPGIPLKPMLAHPTRGISEVLKRFEEAAFTCEYKYDGQRAQIHALEGGEVKIFSRNQEDNTGKYPDIISRIPKIKLPSVTSFILDTEAVAWDREKKQIQPFQVLTTRKRKEVDASEIQVQVCLYAFDLIYLNGESLVREPLSRRRQLLRENFVETEGEFVFATSLDTKDIEQIAEFLEQSVKDSCEGLMVKTLDVDATYEIAKRSHNWLKLKKDYLDGVGDTLDLVVIGAYLGRGKRAGRYGGFLLASYDEDSEELQAICKLGTGFSDEELEEHHQSLKALVLPSPRPYVRIDGAVIPDHWLDPSAVWEVKCADLSLSPIYPAARGLVDSDKGISLRAPRFIRVREDKQPEQATTSAQVACLYRKQSQIQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPGPAPTPGPCPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3365.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCTGATGCGTC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(PG)-D(PTPCPGPGPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2154.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	C

GTCGGAC

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPTPCPCPGPAPCPGPAPCPGPCPAPTPCPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5486.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GTCCGACGACGCATCAGC

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	469

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.986 Å
晶胞边长 b length_b	96.832 Å
晶胞边长 c length_c	114.661 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.870 Å
R 因子 r_factor	0.1884
R_work r_work	0.1876
R_free r_free	0.2101

fit	/app/data/saxs_computation/v1/8v1u/8v1u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/8v1u/8v1u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/8v1u/8v1u.dat

;Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)