8v23

Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in the presence of Lenacapavir

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v23
沉积日期 deposition_date	2023-11-21
最后修订 last_revision	2025-01-08
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in the presence of Lenacapavir
关键词 keywords	Capsid, N-terminal domain, HIV-1, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.17 Å
零角强度 I(0) i0	5124530.00
分子量 molecular_weight	16125.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20159 Å³
包络体积 envelope_volume	24074 Å³
水化壳体积 shell_volume	13024 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.39 Å
包络 Rg envelope_rg	16.80 Å
形状 Rg shape_rg	16.17 Å
总 Rg total_rg	17.17 Å
总原子数 total_atoms	1133
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9870e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5125000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6701
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.357
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	930800.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.440; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.218 Å
晶胞边长 b length_b	44.127 Å
晶胞边长 c length_c	91.608 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2301
R_free r_free	0.2859

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	16204.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1187

Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in the presence of Lenacapavir

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	54

fit	/app/data/saxs_computation/v2/8v23/8v23.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v2/8v23/8v23.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v2/8v23/8v23.dat