8v24

LapB cytoplasmic domain in complex with LpxC

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 105.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v24
沉积日期 deposition_date	2023-11-21
结构标题 title	LapB cytoplasmic domain in complex with LpxC
关键词 keywords	adaptor, complex, deacetylase, LPS, LpxC, LapB(YciM), PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.55 Å
零角强度 I(0) i0	329413000.00
分子量 molecular_weight	143550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178570 Å³
包络体积 envelope_volume	229420 Å³
水化壳体积 shell_volume	54099 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.09 Å
包络 Rg envelope_rg	34.10 Å
形状 Rg shape_rg	34.56 Å
总 Rg total_rg	35.04 Å
总原子数 total_atoms	19756
残基数 n_residues	1253
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	329500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9110
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Lipopolysaccharide assembly protein B
分子量 formula_weight	44589.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	19756

MLELLFLLLPVAAAYGWYMGRRSAQQNKQDEANRLSRDYVAGVNFLLSNQQDKAVDLFLDMLKEDTGTVEAHLTLGNLFRSRGEVDRAIRIHQTLMESASLTYEQRLLAIQQLGRDYMAAGLYDRAEDMFNQLTDETDFRIGALQQLLQIYQATSEWQKAIDVAERLVKLGKDKQRVEIAHFYCELALQHMASDDLDRAMTLLKKGAAADKNSARVSIMMGRVFMAKGEYAKAVESLQRVISQDRELVSETLEMLQTCYQQLGKTAEWAEFLQRAVEENTGADAELMLADIIEARDGSEAAQVYITRQLQRHPTMRVFHKLMDYHLNEAEEGRAKESLMVLRDMVGEKVRSKPRYRCQKCGFTAYTLYWHCPSCRAWSTIKPIRGLDGL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli CFT073
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	199310
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
分子量 formula_weight	33995.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MIKQRTLKRIVQATGVGLHTGKKVTLTLRPAPANTGVIYRRTDLNPPVDFPADAKSVRDTMLCTCLVNEHDVRISTVEHLNAALAGLGIDNIVIEVNAPEIPIMDGSAAPFVYLLLDAGIDELNCAKKFVRIKETVRVEDGDKWAEFKPYNGFSLDFTIDFNHPAIDSSNQRYAMNFSADAFMRQISRARTFGFMRDIEYLQSRGLCLGGSFDCAIVVDDYRVLNEDGLRFEDEFVRHKMLDAIGDLFMCGHNIIGAFTAYKSGHALNNKLLQAVLAKQEAWEYVTFQDDAELPLAFKAPSAVLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli CFT073
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	199310
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	uridine-5'-diphosphate-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-glucosamine
分子量 formula_weight	791.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1171191

fit	/app/data/saxs_computation/v2/8v24/8v24.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v2/8v24/8v24.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v2/8v24/8v24.dat

LapB cytoplasmic domain in complex with LpxC

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)