8v2e

Crystal structure of B055 scaffold boost immunogen in complex with a mature 10E8 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v2e
沉积日期 deposition_date	2023-11-22
结构标题 title	Crystal structure of B055 scaffold boost immunogen in complex with a mature 10E8 Fab
关键词 keywords	epitope-scaffold, boost immunogen, antigen-antibody complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.81 Å
零角强度 I(0) i0	212224000.00
分子量 molecular_weight	116490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	145000 Å³
包络体积 envelope_volume	204450 Å³
水化壳体积 shell_volume	47756 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.81 Å
包络 Rg envelope_rg	35.57 Å
形状 Rg shape_rg	35.82 Å
总 Rg total_rg	36.18 Å
总原子数 total_atoms	8255
残基数 n_residues	1114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9094
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.182
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	25203.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8305

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCSASGFDFDNAWMTWVRQPPGKGLEWVGRITGPGEGWSVDYAAPVEGRFTISRLNSINFLYLEMNNLRMEDSGLYFCARTGKYYDFWSGYPPGEEYFQDWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	22989.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SYELTQETGVSVALGRTVTITCRGDSLRSHYASWYQKKPGQAPILLFYGKNNRPSGVPDRFSGSASGNRASLTISGAQAEDDAEYYCSSRDKSGSRLSVFGGGTKLTVLSQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	10E8 EPITOPE SCAFFOLD B055
分子量 formula_weight	21636.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

ETGNVSQEDIIRALAEPLIDDGMVEKEFADHVIEREKQTPTGLQAEPVGVAIPHTMGEYVRENAISVGILTKPVNFTGWYQSEEPVPVRVVFMLAIRNWFDITNVLNWIKRVIQDRDFMRRLLTMNDEEIYEEIYKKIKQAPNLTGIHFTKKYVRHLNGSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGSGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.032 Å
晶胞边长 b length_b	84.941 Å
晶胞边长 c length_c	205.969 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	44.030 Å
R 因子 r_factor	0.2306
R_work r_work	0.2282
R_free r_free	0.2763

fit	/app/data/saxs_computation/v2/8v2e/8v2e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v2/8v2e/8v2e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v2/8v2e/8v2e.dat

Crystal structure of B055 scaffold boost immunogen in complex with a mature 10E8 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)