8v3b

Computational Designed Nanocage O43_129_+4

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 245.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v3b
沉积日期 deposition_date	2023-11-27
结构标题 title	Computational Designed Nanocage O43_129_+4
关键词 keywords	O43, Nanocage, De Novo, Programmable Design, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	112.30 Å
零角强度 I(0) i0	29400600000.00
分子量 molecular_weight	1216500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1412300 Å³
包络体积 envelope_volume	5195000 Å³
水化壳体积 shell_volume	394670 Å³
包络直径 envelope_diameter	274.7 Å
壳层 Rg shell_rg	122.80 Å
包络 Rg envelope_rg	94.87 Å
形状 Rg shape_rg	112.30 Å
总 Rg total_rg	112.40 Å
总原子数 total_atoms	86736
残基数 n_residues	17520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	245.9 Å
Rg (实空间) rg_real	111.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8270e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9980e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	124.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30690000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8071
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	193.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.484
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.620
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5600
最高正则化参数 α highest_alpha	11540000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 0.955; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	O43_129_+4 component A
分子量 formula_weight	33977.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	86736

MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	O43_129_+4 component B
分子量 formula_weight	46675.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x

MGDDLLLKLLELLVEQARVSAEFARRQGDEKMLEEVARKAEEVARKAEEIARKARKEGNLELALKALEILVRAAHVLAEIARERGNEELQKKAHKLAKEALRQVIEIAIRAIQEGNLELAIIALHISVRIAEVLLETRPDDREEIREQQAIFELLIAALEAAIRLEKLKEEGAPPEQIERVAEHGLERLKEIAKEISKEVDSPESKRIAYKIVAAAAEFLLKILAEGGATPEQLERVTEHALEVLKEVAKELADSPESVREAVRLISKLTQEGLKQLKEIGAPPEQIERVAEHGLEVLKEIAKYGSKLTDSPELKRELYRIISETAKELLKILAEGGATPEQLERVTKHALEVLKEVAKELADSPESGLAALAAIASLAKLGLEQLKEIGAPPEQQRRVTKAGIEAVREIYRYGRKLY

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	6.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16878

fit	/app/data/saxs_computation/v3/8v3b/8v3b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v3/8v3b/8v3b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v3/8v3b/8v3b.dat

Computational Designed Nanocage O43_129_+4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)