8v3w

CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 298.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v3w
沉积日期 deposition_date	2023-11-28
最后修订 last_revision	2024-08-28
结构标题 title	CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region
关键词 keywords	Phage tail-like, bacteriocin, baseplate, pre-contraction, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.18 Å
零角强度 I(0) i0	35522200000.00
分子量 molecular_weight	1659500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2097300 Å³
包络体积 envelope_volume	3760100 Å³
水化壳体积 shell_volume	342620 Å³
包络直径 envelope_diameter	262.4 Å
壳层 Rg shell_rg	96.90 Å
包络 Rg envelope_rg	83.04 Å
形状 Rg shape_rg	86.18 Å
总 Rg total_rg	86.27 Å
总原子数 total_atoms	116790
残基数 n_residues	14709
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	298.5 Å
Rg (实空间) rg_real	88.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4950e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	89.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35730000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9067
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	116.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.133
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3270
最高正则化参数 α highest_alpha	9173000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 0.926; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.902; Smooth: 0.772

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	TRI-2 (CD1371)
分子量 formula_weight	39603.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,J,M,v,r,0,3,Y,U,e,h
原子数 atom_count	116790

MYSDQTYEVIKNRTLENINLDIYKGEGSFLNNMVSGNNLELSKIYLELSKMHKMAFIQDTYNQFLDKRVNEFGVYRKLGTESNGEVEFIGEKGTVINNGTIISYRDLLFVVIKDVTIGSEEGDNSPVQALEVGKKYNLPTNCEFKLVDNISGVTKITNTRSFEGGTDIETDEELKERFYKIQRNQATSGNKAHYEEWALEVDGVYNVKVYPRWDGPGTVKVLIFGKNNQAVDTETIERCQQHIDEEKPIGPTITVVTPLPIEISISAVMKLEDGYTLDNVKESFLESINTYFRDIRGEIIYTKVMGILINTTGVHDLSNLLINGSTDNITINEDKIPSVTTVNFSEVENQ

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 2 polymer

描述 description	TRI-1 (CD1372)
分子量 formula_weight	26473.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,Q,4,6,i,l

MKLIDKLPSFDRNYIVEEIQGAYDTELNILKEDIDDTFNQLFVDTATWGLDMWEDILCIEKKELDFDTRRSNIKAKMRSRGTSTIEVIKSICEAYTKSETDIKVYSDEFTFVLSFIANNCDYKTLLDCSDMIERVKPAHLLHYLEPIILDKSMVYCGGGMVCSEEVKVHPYFEPIIKCSAVVNCGAGMISREEIKVYPLSIKCIENNCKINIAIANDTGVENVVVYPKSEVV

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 3 polymer

描述 description	Spike (CD1369)
分子量 formula_weight	12626.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,t,W

MANPINEFIGIIREEGKYHNQPSFFIGKIKSKLPDLKIETNNIILEKEDILIDSWMIDRQLETFDTETNQEHQHEVKNPFIDNFESGDMVIMFRIGEKFAVVSKLVSL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 4 polymer

描述 description	Tape measure protein (CD1366)
分子量 formula_weight	89157.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,s,V

MGNVREEGINMYLTDNYTPKMNQIISVTDNFRRATVAVSLSTNVMASSIKNSIGSASNRVNSLNSSLRKVQTTASSVSSTMTKLSSSINAVSGVIGSLNGSIMRLAITIAMIIDYFNKLIQKKNEFNSNIMIILIFKAKSDEVEKTKNKLLGNLKKIGGKIWNIVIKAKDMTKRVISSILGKLKQVEKRPYQGSINLKDMVSSAMGRILPKLMLFKNTFWSGVIAIKDMASGIISKVFPKLRLFAGKVWSGAIAVKDMASGILGSIKGKISDLTNGATIGVAVKKGVDLLGQEQNQKVVLESVMKRNTGKVNQIDVDDYYGSLVRMANDTPFDPEDVVAMGTKAKMISNITGGKKEKDITQAMVDVRALNMNTSSEQDVSAAFLSAAKGNMESLNTLVGENYKTFDEALEGISVKQMGLAKEMSNTIPGIISGAQTSINNGLKSIVKPFDDILGQGLKKIKTFIESGLGNLAGLSEKMAGKIGNVMNGKIIIGNKYDQMQSRSVKNGKEFSDSTQYRISNEAEKRKMMVENKQERFENHAATMIGNAPKAIVNAGSTLLQNIDFTALIDSLLPVVNLVNNLLDSINNKSPIAQGLISIFGTIVTTAFQLIGPVVEAVSPIITRIFTFLGEYAPQINNFIETLGVIWKTVWETLGPLLETGWKIIEPILGAFFNILDKVCKIVKDICKWWQTMINKIKNGSITGTVLNLVEKSKKNYKDNPYAGTKAGDSGKAYSGKKGNNAFGLNYVPYNDYQTRLHEGEMVLTKQEANQYRSRKNGGNINIAKLADTIVIREEADIEKITSKLVASIQLAQLGGVL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 5 polymer

描述 description	Tube tail (CD1367)
分子量 formula_weight	16234.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,w,T,y,Z,o

MEMWLRQAEDRFRFPVFPSSFSINGKAAVNSSSILKIGEIATFGGVALKSISISSFFPNKDYTFCDYTGFPSPYDCVNKIEKWMKEGFILRFTITETNINMEVIIEGFSYEERDGTRDVYFTLDLKEYKRIKIPKVTPKQ

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 6 polymer

描述 description	Sheath initiator (CD1370)
分子量 formula_weight	16550.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,2,O,g,F,j

MSTIFPFIGVPEDYILPKTEELPIFREVAWDFEKDEPILEKGDFKIIEKKEALKVWIYKCIKTNRYEHEIYSLEYGTELSELIGQKYTKGLTESEASRFIKEALLINPYILEVNVKSANFNRDILSANVKVSTIYGEVEINV

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 7 polymer

描述 description	Sheath (CD1363)
分子量 formula_weight	39268.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,D,S,K,AA,u,8,1,q,X,n,f

MAIGLPSINISFKELATTVKERSARGIIAMVLKDAKALGLNEIHEKEDIPVDLSAENKEYINLALMGNVNTPNKLLVYVIEGEADIQTALDFLETKEFNYLCMPKAVEADKTAIKNWIIKLRDIDKVKVKAVLGKVVGNHEGIINFTTEDVLVGEKKYSVDEFTSRVAGLIAGTPLSQSVTYTKLSDVVDIPKMTKVDAESRVNKGELILIKEAGAIRIARGVNSLTELTAEKGEMFQKIKIVDTLDIIHSDIRKVIIDDYIGKVTNSYDNKCLLIVAIKSYLEELEKSALIESDSTVEIDFEAQKSYLKSKGVDLSYMTLQEIKEANTGSKVFLKAKIKVLDAMEDIDLSIEI

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 8 polymer

描述 description	Tube (CD1364)
分子量 formula_weight	16028.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,I,R,P,9,z,7,5,p,d,m,k

MANMEARNVMSGTWGELWLDGNKVAEVKKFQAKMEFTKEDIIIAGQMGTDTKYMGYKGKGSITLYHVSSRMHKLIGEKIKRGSEPRFVAISKLNDPDSYGAERIAVKNIAFDDLTLADWEVGVKGEIEAPFTFTEYDFLDII

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 9 polymer

描述 description	Hub-Hydrolase (CD1368)
分子量 formula_weight	65426.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,x,b

MIKIWVHIKNGSIYDITDIVDKVSWSGDYKSPSRTLEFSIIQSSFDNVFQQIDIPIASTVCFYVDEKELFRGMIINRSKDSSSNEISFVSKDMGFLLTQSEVSYNFKDKLVEDIAKQVFAENRLSVGIIAKTNVKYTKMFIGVNGYDTIMSAYTEASKKTKKKYMIEANLDKFNVIEKGTVTLSVMFEEGFNIINTTFSESMENVKNKVIVVDQYGSKISEKIDNEIFKEVNVIMQKVIQQQENQDVDIDSEFNGIEKSCSLKGYGDVSCITGRGVKVKDSYTKLVGLFYIDTDKHTWQNGEYQIELELNFQNLMDEKSAGQDEPKEESNLGGEDYAGGKEFTAEFTAYCPRKEEGGDTDCRKKKLDPSKKTCAAPMVGKYEQTYYTKEFLNKHPLLNYGDEIQVITGVSGRDGVYKVNDVGPAITIEKNGTYHIDILFGNVEEASKFGRRKGKIIIGGYSGNVSDKAKIVISEAKKHLGKPYKWGGNGPSSFDCSGLMVYCFKKVNVSLPRTSNQQSKKGKKVEQKNLQAGDLVFFHNPVSHVGLYIGNGEFLHAPQKGDVVKISKLSSRRDFNTARRVL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	116539

fit	/app/data/saxs_computation/v3/8v3w/8v3w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v3/8v3w/8v3w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v3/8v3w/8v3w.dat

CryoEM Structure of Diffocin - precontracted - Baseplate - focused refinement on triplex region

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)