8v5p

Crystal Structure of the C-terminal domain of the VZV gE ectodomain in complex with the Fab of human antibody 5A2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 190.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v5p
沉积日期 deposition_date	2023-11-30
结构标题 title	Crystal Structure of the C-terminal domain of the VZV gE ectodomain in complex with the Fab of human antibody 5A2
关键词 keywords	glycoprotein E, varicella, zoster, herpes, virus, antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.28 Å
零角强度 I(0) i0	975513000.00
分子量 molecular_weight	260490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	325860 Å³
包络体积 envelope_volume	476230 Å³
水化壳体积 shell_volume	76983 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.6 Å
壳层 Rg shell_rg	50.59 Å
包络 Rg envelope_rg	57.29 Å
形状 Rg shape_rg	56.22 Å
总 Rg total_rg	56.30 Å
总原子数 total_atoms	18368
残基数 n_residues	2381
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	190.4 Å
Rg (实空间) rg_real	56.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	975300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8701
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.668
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.786

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E
分子量 formula_weight	28010.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,C
原子数 atom_count	18368

MGTVNKPVVGVLMGFGIITGTLRITNPVRAAVTPQPRGAEFHMWNYHSHVFSVGDTFSLAMHLQYKIHEAPFDLLLEWLYVPIDPTCQPMRLYSTCLYHPNAPQCLSHMNSGCTFTSPHLAQRVASTVYQNCEHADNYTAYCLGISHMEPSFGLILHDGGTTLKFVDTPESLSGLYVFVVYFNGHVEAVAYTVVSTVDHFVNAIEERGFPPTAGQPPATTKPKEITPVNPGTSPLIRYAAWTGGLAGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	5A2 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	26039.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,E,J,F

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCIVSGGSISRYYWSWIRQPPGRGLEWIGNIYYTGTTNYNPSLQSRVTISLDTSKNQFSLRLTSVTAADTAVYYCARIGGVSFGERPIDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSENLYFQGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	5A2 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	22474.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y,X,I

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQTISTYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTITSLQPEDFAAYYCQQSYSIPLTFGGGTKVEIKGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	274.822 Å
晶胞边长 b length_b	274.822 Å
晶胞边长 c length_c	128.957 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	4.330 Å
最低分辨率 resolution_low	45.800 Å
R 因子 r_factor	0.2249
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2722

fit	/app/data/saxs_computation/v5/8v5p/8v5p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/8v5p/8v5p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/8v5p/8v5p.dat

Crystal Structure of the C-terminal domain of the VZV gE ectodomain in complex with the Fab of human antibody 5A2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)