8v5s

VZV glycoprotein E C-terminal domain (cleaved) in complex with human Fab 5A2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v5s
沉积日期 deposition_date	2023-11-30
结构标题 title	VZV glycoprotein E C-terminal domain (cleaved) in complex with human Fab 5A2
关键词 keywords	varicella zoster, virus, antibody, immune, herpes, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.99 Å
零角强度 I(0) i0	214927000.00
分子量 molecular_weight	119300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	149630 Å³
包络体积 envelope_volume	206390 Å³
水化壳体积 shell_volume	47574 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.7 Å
壳层 Rg shell_rg	42.20 Å
包络 Rg envelope_rg	36.42 Å
形状 Rg shape_rg	36.99 Å
总 Rg total_rg	37.35 Å
总原子数 total_atoms	8421
残基数 n_residues	1095
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.196
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.655
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.914

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	5A2 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	26039.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	8421

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCIVSGGSISRYYWSWIRQPPGRGLEWIGNIYYTGTTNYNPSLQSRVTISLDTSKNQFSLRLTSVTAADTAVYYCARIGGVSFGERPIDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSENLYFQGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	5A2 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	22474.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQTISTYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTITSLQPEDFAAYYCQQSYSIPLTFGGGTKVEIKGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E
分子量 formula_weight	28010.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGTVNKPVVGVLMGFGIITGTLRITNPVRAAVTPQPRGAEFHMWNYHSHVFSVGDTFSLAMHLQYKIHEAPFDLLLEWLYVPIDPTCQPMRLYSTCLYHPNAPQCLSHMNSGCTFTSPHLAQRVASTVYQNCEHADNYTAYCLGISHMEPSFGLILHDGGTTLKFVDTPESLSGLYVFVVYFNGHVEAVAYTVVSTVDHFVNAIEERGFPPTAGQPPATTKPKEITPVNPGTSPLIRYAAWTGGLAGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.077 Å
晶胞边长 b length_b	60.410 Å
晶胞边长 c length_c	114.667 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.530 Å
最低分辨率 resolution_low	40.020 Å
R 因子 r_factor	0.2634
R_work r_work	0.2611
R_free r_free	0.3074

fit	/app/data/saxs_computation/v5/8v5s/8v5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/8v5s/8v5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/8v5s/8v5s.dat

VZV glycoprotein E C-terminal domain (cleaved) in complex with human Fab 5A2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)