8v62

Structure of the Human Respirovirus 3 Fusion Protein Bound to Camelid Nanobodies 1D10 and 4C06

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 125.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v62
沉积日期 deposition_date	2023-12-01
结构标题 title	Structure of the Human Respirovirus 3 Fusion Protein Bound to Camelid Nanobodies 1D10 and 4C06
关键词 keywords	viral fusion protein, camelid nanobodies, viral glycoprotein, membrane fusion, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.21 Å
零角强度 I(0) i0	703730000.00
分子量 molecular_weight	216920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272060 Å³
包络体积 envelope_volume	390760 Å³
水化壳体积 shell_volume	79078 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.65 Å
包络 Rg envelope_rg	38.97 Å
形状 Rg shape_rg	40.20 Å
总 Rg total_rg	40.68 Å
总原子数 total_atoms	15234
残基数 n_residues	1980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	703900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8900
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.885

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	57336.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	15234

MPISILLIITTMIMASHCQIDITKLQHVGVLVNSPKGMKISQNFETRYLILSLIPKIEDSNSCGDQQIKQYKRLLDRLIIPLYDGLRLQKDVIVTNQESNENTDPRTERFFGGVIGTIALGVATSAQITAAVALVEAKQARSDIEKLKEAIRDTNKAVQSVQSSPGNLIVAIKSVQDYVNKEIVPCIARLGCEACGLLLGLALDQHYSELTNIFGDNIGSLQEKGIKLQGIASLYRTNITEIFTTSTVDKYDIYDLLFTESIKVRVIDVDLNDYSITLQVRLPLLTRLLNTQIYKVDSISYNIQNREWYIPLPSHIMTKGAFLGGADVKECIEAFSSYICPSDPGFVLNHEMESCLSGNISQCPRTTVTSDIVPRYAFVNGGVVANCITTTCTCNGIGNRINQPPDQGVKIITHKECNTIGINGMLFNTNKEGTLAFYTPDDITLNNSVALNPIDISIELNKAKSDLEESKEWIRRSNQKLDSIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGEAEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Human respirovirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11216
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Camelid nanobody 1D10
分子量 formula_weight	12436.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

EVQLVESGGGLVQTGDSLRLSCAASGSIFGENAMAWFRQAPGKQRELVARVSTGGTLFYADFAKVRFTISRDTAKQTVYLQMSSLRPEDTAVYYCAVAVGTRNYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Camelid nanobody 4C06
分子量 formula_weight	12487.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCSASGSLSTIKALGWYRRAPGRERELVASITSAGETNYADSAKGRFTVSTDNAKNTVDLRMNSLKPEDTAVYYCYAESFVLNIYWGQGTQVTVSSG

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56650

fit	/app/data/saxs_computation/v6/8v62/8v62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v6/8v62/8v62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v6/8v62/8v62.dat

Structure of the Human Respirovirus 3 Fusion Protein Bound to Camelid Nanobodies 1D10 and 4C06

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)