8v83

60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 pre-catalytic structure - Overall map)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 231.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v83

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v83
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8v83
沉积日期 deposition_date2023-12-04
最后修订 last_revision2024-05-01
结构标题 title60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 pre-catalytic structure - Overall map)
关键词 keywordsRibosome biogenesis intermediate DEAD-box ATPase, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron89.75
零角强度 I(0) i070442600000.00
分子量 molecular_weight1738100.0 kDa
排除体积 excluded_volume1958900 ų
包络体积 envelope_volume3354500 ų
水化壳体积 shell_volume302130 ų
包络直径 envelope_diameter314.8
壳层 Rg shell_rg92.28
包络 Rg envelope_rg88.55
形状 Rg shape_rg89.89
总 Rg total_rg89.42
总原子数 total_atoms119224
残基数 n_residues11135
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax231.7
Rg (实空间) rg_real82.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real6.7440e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3030e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70370000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9162
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary103.0
偏度 Skewness skewness0.240
峰度 Kurtosis kurtosis-0.528
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.6172
最高正则化参数 α highest_alpha5134000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.994; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (49)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)