8v88

Alpha7-nicotinic acetylcholine receptor bound to epibatidine and GAT107

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 149.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v88
沉积日期 deposition_date	2023-12-05
结构标题 title	Alpha7-nicotinic acetylcholine receptor bound to epibatidine and GAT107
关键词 keywords	ION CHANNEL, MEMBRANE PROTEIN, NICOTINIC RECEPTOR; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.96 Å
零角强度 I(0) i0	749417000.00
分子量 molecular_weight	244440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	313080 Å³
包络体积 envelope_volume	406210 Å³
水化壳体积 shell_volume	77236 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.30 Å
包络 Rg envelope_rg	44.23 Å
形状 Rg shape_rg	43.99 Å
总 Rg total_rg	44.03 Å
总原子数 total_atoms	34445
残基数 n_residues	1970
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	749200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8255
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.581
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.055
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	136900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.612

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	67220.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	34670

EFQRKLYKELVKNYNPLERPVANDSQPLTVYFSLSLLQIMDVDEKNQVLTTNIWLQMSWTDHYLQWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLACGRMACAGAMADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSSAWSHPQFEKGSGEGRGSLLTCGDVEENPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 non-polymer

描述 description	(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
分子量 formula_weight	544.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	EPIBATIDINE
分子量 formula_weight	208.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 9 non-polymer

描述 description	(3aR,4S,9bS)-4-(4-bromophenyl)-3a,4,5,9b-tetrahydro-3H-cyclopenta[c]quinoline-8-sulfonamide
分子量 formula_weight	405.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	316844

fit	/app/data/saxs_computation/v8/8v88/8v88.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v8/8v88/8v88.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v8/8v88/8v88.dat