8v9j

Cryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 297.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v9j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v9j
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8v9j
沉积日期 deposition_date2023-12-08
结构标题 titleCryo-EM structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome in complex with hibernation factor Msmeg1130 (Balon) (Structure 4)
关键词 keywordscryo-EM, mycobacteria, hibernation, Msmeg1130, Balon, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron86.88
零角强度 I(0) i0166417000000.00
分子量 molecular_weight2271900.0 kDa
排除体积 excluded_volume2343400 ų
包络体积 envelope_volume4335400 ų
水化壳体积 shell_volume380650 ų
包络直径 envelope_diameter280.6
壳层 Rg shell_rg102.10
包络 Rg envelope_rg85.05
形状 Rg shape_rg86.93
总 Rg total_rg86.85
总原子数 total_atoms153055
残基数 n_residues11324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax297.4
Rg (实空间) rg_real87.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26
I(0) (实空间) i0_real1.6420e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3710e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal87.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal167300000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9020
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary115.7
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.057
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2810
最高正则化参数 α highest_alpha8459000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 0.923; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.706

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (60)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)