8vb0

Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 219.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vb0
沉积日期 deposition_date	2023-12-11
最后修订 last_revision	2024-10-23
结构标题 title	Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid
关键词 keywords	Mature capsid, Bacteriophage, Decoration protein, alpha-claw, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.84 Å
零角强度 I(0) i0	1271050000.00
分子量 molecular_weight	295270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	367890 Å³
包络体积 envelope_volume	595090 Å³
水化壳体积 shell_volume	81146 Å³
包络直径 envelope_diameter	237.7 Å
壳层 Rg shell_rg	58.78 Å
包络 Rg envelope_rg	63.12 Å
形状 Rg shape_rg	61.87 Å
总 Rg total_rg	61.69 Å
总原子数 total_atoms	20817
残基数 n_residues	2692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	219.7 Å
Rg (实空间) rg_real	61.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1270000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.299
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.724

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein (gp38)
分子量 formula_weight	36448.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	20817

MSDTPYKADLSRVHWAGSNSDVDIHLEIFEGDVDSGFMYNSFFRGNSSYVSVQDQSNQARIDRMNTVTIKGRTPGQKLDRESVKNDKLVITVDTVTYASTVMDWQDDWTSPDRWAEIGAQHGYQHARLFDTAHLIQIIKARKWIAPADLKPAFFDGKEYTAAYNADRELFAANIIDAHRQGIEEMVRRDLGGSLTEFITVVSPYVFGLLLDSKKLVNVDYSAGNGNFAERRVGMVNGVRIVESARFPAAAGTSPLGAAFTVDADDVACQMVVYHPKMTLVTVEAKPLATNKYPDNPNFSDILDSFTLYTVGQRRPDTSFAVKLTNLP

Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-claw decoration protein (gp44)
分子量 formula_weight	6334.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,K,L,M

MAITTGTTEAQALNMTMRDAVLKVAPGVQQLVQNSSQLTAAEIAIIQTNITALKAAFTAAGA

Entity 3 polymer

描述 description	Alpha-paw decoration protein (gp43)
分子量 formula_weight	17263.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,N

MSLVTATAAQRIALRNTATNLSEQTQVYAQSATAPTAAEAAIVQPYIDAAQAAITAVGAGGATVANGATVAVVNSASADSHNATATVTGTTLTNVKLAATVAFVDNADTITVQNSAGTAVAGTHTATVAAGVISNVKLAATIAPVASGLALTGVTPTGTYTNTVTFTVAAGVITAIVLS

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5279

fit	/app/data/saxs_computation/vb/8vb0/8vb0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vb/8vb0/8vb0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vb/8vb0/8vb0.dat

Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)