SAXSdb — 8vba

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vba
沉积日期 deposition_date	2023-12-12
结构标题 title	The secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in complex with the mouse mAb 1C08
关键词 keywords	Adhesin, glycoprotein, lectin, antibody-antigen complex, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.04 Å
零角强度 I(0) i0	306224000.00
分子量 molecular_weight	134450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164440 Å³
包络体积 envelope_volume	216040 Å³
水化壳体积 shell_volume	40206 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.04 Å
包络 Rg envelope_rg	52.48 Å
形状 Rg shape_rg	52.02 Å
总 Rg total_rg	51.82 Å
总原子数 total_atoms	9416
残基数 n_residues	1260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	305600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6372
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.641
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.356; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.144; Smooth: 0.067

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	EtpA
分子量 formula_weight	157456.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9416

MNRIYKLKFDKRRNELVVVSEITTGVGNAKATGSVEGEKSPRRGVRAMALSLLSGMMIMAHPAMSANLPTGGQIVAGSGSIQTPSGNQMNIHQNSQNMVANWNSFDIGKGNTVQFDQPSSSAVALNRVVGGGESQIMGNLKANGQVFLVNPNGVLFGEGASVSTSGFVASTRDIKNDDFMNRRYTFSGGQKAGAAIVNQGELTTNAGGYIVLAADRVSNSGTIRTPGGKTVLAASERITLQLDNGGLMSVQVTGDVVNALVENRGLVSARDGQVYLTALGRGMLMNTVLNVSGVVEASGMHRQDGNIVLDGGDSGVVHLSGTLQADNASGQGGKVVVQGKNILLDKGSNITATGGQGGGEVYVGGGWQGKDSNIRNADKVVMQGGARIDVSATQQGNGGTAVLWSDSYTNFHGQIGAKGGETGGNGGRVETSSHGNLQAFGTVSASAKKGKAGNWLLDSADITIVNGSNVSKTETTQSPPHTQFAPTAAGSAVSNTSINNRLNNGTSVTILTHRTRTGTAQGGNITVNAAINKGNGSDVNLTLQAGGNITVNNSITSTEGKLNVNLSGARTSNGSITISNNANITTNGGDITVGTTNTSNRVNISINNTTLNASNGNIQLTGTGTDSGILFAGNNRLTASNIALTGNSTSGNAINLTGTATLNATNNITLTGSSTSGNAINLKGNNTLTASNITLTGESTSGNAINHTDTTGTTTLNATNNITMQGTRVQIKHSNITAGNFALNATVAGSEISNTTLTATNNINLAAKTNSASSGVYLKDARITSTNGSITANGTATANGKATHLDGNVTLNASNGRIKLTGNGHGSASGILFAGNNRLTASNIALTGNSTSGNAINLTGTATLNATNDITLTGSSTSGNAINLTGTATLNATNNITLTGSSTSGNAINLKGNNTLTASNITLTGESTSGNAINLTDTTGTTTLNATNNITMQGTRVQIKHSNITAGNFALNATVAGSEISNTTLTATNNINLAAKTNSASSGVYLKDARITSTNGSITANGTATANGKATHLDGNVTLNASNGRIKLTGNGHGSASGILFAGNNRLTASNIALTGNSTSGNAINLTGTATLNATNDITLTGSNTSGNAINLTGTATLNATNNITLTGSSTSGNAINLKGNNTLTASNITLTGESTSGNAINLTDTTGTTTLNATNNITMQGTRVQIKHSNITAGNFALNATVAGSEISNTTLTATNNINLAAKTNSASSGVYLKDARITSTNGSITANGTATANGKATHLDGNVTLNASNGRIKLTGNGHGSASGILFAGNNRLTASNIALTGNSTSGNAINLTGTATLNATNDITLTGSSTSGNAINLTGTATLNATNNITLTGSSTSGNAINLKGNNTLTASNITLTGESTSGNAINLTDTTGTTTLNATNNITMQGTRVQIKHSNITAGNFALNATVAGSEISNTTLTATNNINLAAKTNSASSGVYLKDARITSTNGSITANGTAPANDNATYLDGNVTLNASNGSIKLTGNGNGSTSGILFAGNNTLTASNITLTGNSEVYWQKLGPEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli ETEC H10407
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316401
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	mAb 1C08 Heavy Chain
分子量 formula_weight	50965.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLQQSGGELMKPGASVKLSCKATGYTFTGYWIEWVEQRPGHGLEWIGEILPGSGSTDYNEKFKGKATCSADTSSNTAYMKLSSLTTEDSAIYYCARKSPYAMEYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	mAb 1C08 Light Chain
分子量 formula_weight	25339.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGWSCIILFLVATATGVHSDIQMTQSPASLSVSVGETVTITCRASENIYSNLAWLHQKQGKSPQLLVYGATNLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQSEDFGTYYCQQFWGSPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215360

fit	/app/data/saxs_computation/vb/8vba/8vba.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vb/8vba/8vba.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vb/8vba/8vba.dat

The secreted adhesin EtpA of Enterotoxigenic Escherichia coli in complex with the mouse mAb 1C08

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)