8vc7

Crystal Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with Antagonist 2A1.9 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vc7
沉积日期 deposition_date	2023-12-13
结构标题 title	Crystal Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with Antagonist 2A1.9 Fab
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, Antibody, Immune Recognition, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.89 Å
零角强度 I(0) i0	300185000.00
分子量 molecular_weight	139220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173090 Å³
包络体积 envelope_volume	244010 Å³
水化壳体积 shell_volume	47491 Å³
包络直径 envelope_diameter	234.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.24 Å
包络 Rg envelope_rg	52.65 Å
形状 Rg shape_rg	51.81 Å
总 Rg total_rg	51.83 Å
总原子数 total_atoms	9797
残基数 n_residues	1288
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.5 Å
Rg (实空间) rg_real	45.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	299500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6814
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6310
最高正则化参数 α highest_alpha	9335000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.006; Oscil: 0.987; Stabil: 0.981; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
分子量 formula_weight	23258.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	9797

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
分子量 formula_weight	24836.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,B

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNLYSSSIHWVRQAPGKGLEWVAYIYPSSGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARYYYTRGYPDGMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Butyrophilin subfamily 2 member A1
分子量 formula_weight	25725.3 kDa
突变 mutation	C219S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

ADLQFIVVGPTDPILATVGENTTLRCHLSPEKNAEDMEVRWFRSQFSPAVFVYKGGRERTEEQMEEYRGRTTFVSKDISRGSVALVIHNITAQENGTYRCYFQEGRSYDEAILHLVVAGLGSKPLISMRGHEDGGIRLECISRGWYPKPLTVWRDPYGGVAPALKEVSMPDADGLFMVTTAVIIRDKSVRNMSCSINNTLLGQKKESVIFIPESFMPSVSPSGSGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.915 Å
晶胞边长 b length_b	200.976 Å
晶胞边长 c length_c	206.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	39.460 Å
R 因子 r_factor	0.2194
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2607

fit	/app/data/saxs_computation/vc/8vc7/8vc7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vc/8vc7/8vc7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vc/8vc7/8vc7.dat

Crystal Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with Antagonist 2A1.9 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)