8vcq

Crystal structure of the oligomeric rMcL-1 in complex with raffinose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vcq
沉积日期 deposition_date	2023-12-14
结构标题 title	Crystal structure of the oligomeric rMcL-1 in complex with raffinose
关键词 keywords	Galactose binding lectin, rMcL-1, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.84 Å
零角强度 I(0) i0	340076000.00
分子量 molecular_weight	149920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187410 Å³
包络体积 envelope_volume	241190 Å³
水化壳体积 shell_volume	51246 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.71 Å
包络 Rg envelope_rg	38.96 Å
形状 Rg shape_rg	39.79 Å
总 Rg total_rg	40.28 Å
总原子数 total_atoms	10541
残基数 n_residues	1200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	340100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8701
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.894

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Galactose-binding lectin
分子量 formula_weight	17225.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	10897

GHMTTFLIKHKASGKFLHPKGGSSNPANDTNLVLHSDIHERMYFQFDVVDERWGYIKHAASGKIVHPLGGKADPPNETKLVLHQDRHDRALFAMDFFNDNIIHKAGKYIHPKGGSTNPPNETLTVMHGDKHKAMEFIFVSPKDKDKRVLVYV

来源 Source

来源生物 organism	Mytilus californianus
通用名 common_name	California mussel
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6549
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.520 Å
晶胞边长 b length_b	77.934 Å
晶胞边长 c length_c	156.285 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	49.340 Å
R 因子 r_factor	0.2168
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2359

fit	/app/data/saxs_computation/vc/8vcq/8vcq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vc/8vcq/8vcq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vc/8vcq/8vcq.dat