SAXSdb — 8vdl

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vdl
沉积日期 deposition_date	2023-12-15
结构标题 title	HB3VAR03 CIDRa1.4 domain with C7 Fab
关键词 keywords	Malaria, Plasmodium falciparum, PfEMP1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.43 Å
零角强度 I(0) i0	51912800.00
分子量 molecular_weight	56038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69808 Å³
包络体积 envelope_volume	89541 Å³
水化壳体积 shell_volume	27976 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.59 Å
包络 Rg envelope_rg	28.74 Å
形状 Rg shape_rg	28.39 Å
总 Rg total_rg	29.05 Å
总原子数 total_atoms	3927
残基数 n_residues	509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8253
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.634
峰度 Kurtosis kurtosis	0.157
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9723000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.758; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HB3VAR03 CIDRa1.4 domain
分子量 formula_weight	19549.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4067

KITSFDEFFDFWVRKLLIDTIKWETELTYCINNTDVTDCNKCNKNCVCFDKWVKQKEDEWTNIMKLFTNKHDIPKKYYLNINDLFDSFFFQVIYKFNEGEAKWNELKENLKKQIASSKANNGTKDSEAAIKVLFNHIKEIATICKDNNTNEGCRTGWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum HB3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	137071
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	C7 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25591.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLAQPGGSLRLSCAASGFTFRDHGMTWVRQVSGKGLEWLSYITAGSKMSYYSDSVRGRFTISRDNAKNSLYLQMNGLTDEDSAIYYCVKGGGNCPSDTCYPSGYFGLDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	C7 Light Chain
分子量 formula_weight	22939.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSELTQPPSMSVSPGQTAMITCSMNKYSYISWYQQRPGQSPALVIYQDTRRPSGIPERFSGSNSENTAILTITGTRDLDEADYFCQGWDSNVKAVLFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.653 Å
晶胞边长 b length_b	65.353 Å
晶胞边长 c length_c	250.341 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	46.300 Å
R 因子 r_factor	0.2192
R_work r_work	0.2167
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/vd/8vdl/8vdl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vd/8vdl/8vdl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vd/8vdl/8vdl.dat

HB3VAR03 CIDRa1.4 domain with C7 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)