8vf2

CryoEM structure of Ku homodimer super-complex with linear DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 187.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vf2
沉积日期 deposition_date	2023-12-21
结构标题 title	CryoEM structure of Ku homodimer super-complex with linear DNA
关键词 keywords	NHEJ, DNA repair, Mycobacterium tuberculosis, DNA synapsis, DNA Binding, Protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.18 Å
零角强度 I(0) i0	705108000.00
分子量 molecular_weight	192260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	228930 Å³
包络体积 envelope_volume	352670 Å³
水化壳体积 shell_volume	59196 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.78 Å
包络 Rg envelope_rg	56.11 Å
形状 Rg shape_rg	56.13 Å
总 Rg total_rg	56.07 Å
总原子数 total_atoms	25423
残基数 n_residues	1477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.2 Å
Rg (实空间) rg_real	56.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	703400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6861
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.613
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.463
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.481; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.453; Smooth: 0.019

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12239.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,G
原子数 atom_count	25423

CCCCCCTGTCGCCGCCGACGTCTGTGATATGGCGTTGTTG

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12392.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,H

CAACAACGCCATATCACAGACGTCGGCGGCGACAGGGGGG

Entity 3 polymer

描述 description	Non-homologous end joining protein Ku
分子量 formula_weight	33609.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMMRAIWTGSIAFGLVNVPVKVYSATADHDIRFHQVHAKDNGRIRYKRVCEACGEVVDYRDLARAYESGDGQMVAITDDDIASLPEERSREIEVLEFVPAADVDPMMFDRSYFLEPDSKSSKSYVLLAKTLAETDRMAIVHFTLRNKTRLAALRVKDFGKREVMMVHTLLWPDEIRDPDFPVLDQKVEIKPAELKMAGQVVDSMADDFNPDRYHDTYQEQLQELIDTKLEGGQAFTAEDQPRLLDEPEDVSDLLAKLEASVKARSKANSNVPTPP

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5298719

fit	/app/data/saxs_computation/vf/8vf2/8vf2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/8vf2/8vf2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/8vf2/8vf2.dat

CryoEM structure of Ku homodimer super-complex with linear DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)