8vfh

Ternary DNA Polymerase Beta bound to DNA containing primer terminal FapydG base-paired with a dC

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vfh
沉积日期 deposition_date	2023-12-21
结构标题 title	Ternary DNA Polymerase Beta bound to DNA containing primer terminal FapydG base-paired with a dC
关键词 keywords	FapydG, Polymerase Beta, primer terminus, Pol Beta, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.25 Å
零角强度 I(0) i0	48091100.00
分子量 molecular_weight	46879.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55692 Å³
包络体积 envelope_volume	70754 Å³
水化壳体积 shell_volume	26064 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.46 Å
包络 Rg envelope_rg	22.37 Å
形状 Rg shape_rg	22.25 Å
总 Rg total_rg	23.00 Å
总原子数 total_atoms	3256
残基数 n_residues	356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8209
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5552000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPGPAPCPGPCPCPGPCPAPTPCPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4829.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	3597

CCGACGCCGCATCAGC

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPGPAPTPGPCPGP(FAP))-3') ;
分子量 formula_weight	3119.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GCTGATGCGX

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPCPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	1536.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GTCGG

Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase beta
分子量 formula_weight	38241.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	283

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.800 Å
晶胞边长 b length_b	80.400 Å
晶胞边长 c length_c	55.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	24.650 Å
R 因子 r_factor	0.1836
R_work r_work	0.1768
R_free r_free	0.2456

fit	/app/data/saxs_computation/vf/8vfh/8vfh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/8vfh/8vfh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/8vfh/8vfh.dat

Ternary DNA Polymerase Beta bound to DNA containing primer terminal FapydG base-paired with a dC

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)