8vfv

HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 181.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vfv
沉积日期 deposition_date	2023-12-22
结构标题 title	HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
关键词 keywords	mouse antibody, germline targeting, HIV-1, vaccine design, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.75 Å
零角强度 I(0) i0	1359390000.00
分子量 molecular_weight	302830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	377110 Å³
包络体积 envelope_volume	540710 Å³
水化壳体积 shell_volume	86673 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.1 Å
壳层 Rg shell_rg	54.17 Å
包络 Rg envelope_rg	52.40 Å
形状 Rg shape_rg	52.76 Å
总 Rg total_rg	52.77 Å
总原子数 total_atoms	21240
残基数 n_residues	2607
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.1 Å
Rg (实空间) rg_real	52.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1359000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8638
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.383
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.232
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.747

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	RM20A3 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C,M
原子数 atom_count	21240

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM20A3 Fab light chain
分子量 formula_weight	13508.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,D,N

ALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVLGQPKASPTVTLFPPSSEEL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	54221.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,J

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYTEKLRSMMKGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTPVQINCTRPNNNTVKSIRIGPGQAFYYTGDIIGHIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	17134.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,K

AVGIGAVSLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	B16_d77.5 mouse Fab heavy chain Fv
分子量 formula_weight	13972.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSISSGHWWSWVRQSPGKGLEWIGTIYHSGSANYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLTSVTAADTAVYFCARNAILIFGVIAFGEYYFCGMDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	B16_d77.5 mouse Fab light chain Fv
分子量 formula_weight	12012.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPASLAVSLGQRATIFCRASDTVDISGDSFMHWYQQKPGQPPNLLIYRASNLQSGIPARFSGSGSRADFTLTIDPVEADDVATYYCQQSSEDPLTFGAGTKLELK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39822

fit	/app/data/saxs_computation/vf/8vfv/8vfv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/8vfv/8vfv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/8vfv/8vfv.dat

HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 branched

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)