8vgq

CryoEM structure of GNE-1952-alkylated KRAS G12C in complex with engineered conformationally rigid Fab 2H11.4DS

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 104.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vgq
沉积日期 deposition_date	2023-12-27
结构标题 title	CryoEM structure of GNE-1952-alkylated KRAS G12C in complex with engineered conformationally rigid Fab 2H11.4DS
关键词 keywords	fab, antigen binding fragment, protein engineering, gtpase, ONCOPROTEIN-MMUNE SYSTEM complex, ONCOPROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; ONCOPROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.00 Å
零角强度 I(0) i0	72351100.00
分子量 molecular_weight	65718.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81599 Å³
包络体积 envelope_volume	109310 Å³
水化壳体积 shell_volume	30811 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.37 Å
包络 Rg envelope_rg	30.57 Å
形状 Rg shape_rg	30.98 Å
总 Rg total_rg	31.52 Å
总原子数 total_atoms	4620
残基数 n_residues	600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8702
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.435
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.823

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	19352.8 kDa
突变 mutation	G12C, C51S, C80L, C118S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4674

GMTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 2H11.4DS heavy chain
分子量 formula_weight	25318.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQESGPGCVKPPGTLSLTCAVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGSSSWYDLGPFDYWGQGTCVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFCECPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTHHHHHHP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 2H11.4DS light chain
分子量 formula_weight	22977.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWYQQLCGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRCEDEADYYCAAWDERLSGWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSCQSNCNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-{4-[(7M)-6-methyl-7-(5-methyl-2H-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	926738

fit	/app/data/saxs_computation/vg/8vgq/8vgq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vg/8vgq/8vgq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vg/8vgq/8vgq.dat

CryoEM structure of GNE-1952-alkylated KRAS G12C in complex with engineered conformationally rigid Fab 2H11.4DS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)