8vhr

Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to dATP and GTP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 193.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vhr
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to dATP and GTP
关键词 keywords	Ribonucleotide reductase, allosteric regulation, nucleotide binding, subunit interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.87 Å
零角强度 I(0) i0	1671470000.00
分子量 molecular_weight	336960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	419340 Å³
包络体积 envelope_volume	575290 Å³
水化壳体积 shell_volume	87698 Å³
包络直径 envelope_diameter	208.5 Å
壳层 Rg shell_rg	55.78 Å
包络 Rg envelope_rg	55.39 Å
形状 Rg shape_rg	55.88 Å
总 Rg total_rg	55.80 Å
总原子数 total_atoms	23688
残基数 n_residues	2930
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.6 Å
Rg (实空间) rg_real	56.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1670000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8475
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.479
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.208
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	186600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.620

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	87682.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
突变 mutation	W28A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23688

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSMNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDAAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.576 Å
晶胞边长 b length_b	141.078 Å
晶胞边长 c length_c	301.877 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.550 Å
最低分辨率 resolution_low	49.869 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2427

fit	/app/data/saxs_computation/vh/8vhr/8vhr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vh/8vhr/8vhr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vh/8vhr/8vhr.dat

Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to dATP and GTP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction