8vk1

X-ray crystal structure of human IgE 4C8 Fab complex with Der p 2.0103

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vk1
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
结构标题 title	X-ray crystal structure of human IgE 4C8 Fab complex with Der p 2.0103
关键词 keywords	;dust mite allergy, house dust mite, Der p 2-IgE complex, Human IgE against Der p 2, antibody-allergen complex, antibody-allergen interaction, ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex ;; ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.51 Å
零角强度 I(0) i0	221691000.00
分子量 molecular_weight	118830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147860 Å³
包络体积 envelope_volume	212080 Å³
水化壳体积 shell_volume	44436 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.7 Å
壳层 Rg shell_rg	42.79 Å
包络 Rg envelope_rg	43.64 Å
形状 Rg shape_rg	43.50 Å
总 Rg total_rg	43.49 Å
总原子数 total_atoms	8356
残基数 n_residues	1129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.7 Å
Rg (实空间) rg_real	43.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.650
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.137
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.717; Smooth: 0.343

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	IgE 4C8 light chain
分子量 formula_weight	22562.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B
原子数 atom_count	8415

SFELTQPPSVSVSPGQTASITCSGDKLGDIYASWYQQKPGQSPVVVIFQDNKRPSGVPERFSGSNSGNTATLTISGTQALDEADYYCQAWDTSTSVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Der p 2 variant 3
分子量 formula_weight	14141.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A

DQVDVKDCANHEIKKVLVPGCHGSEPCIIHRGKPFQLEALFEANQNSKTAKIEIKASIDGLEVDVPGIDPNACHYMKCPLVKGQQYDIKYTWNVPKIAPKSENVVVTVKVMGDNGVLACAIATHAKIRD

来源 Source

来源生物 organism	Dermatophagoides pteronyssinus
通用名 common_name	European house dust mite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6956
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 3 polymer

描述 description	IgE 4C8 heavy chain
分子量 formula_weight	24374.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAIHWVRQAPGKGLEWVSGLSGGGGDTDYADSVKGRLTISRDNSKKTLFLEMNNLRPEDTAIYYCAKLTGYGSTPGSYMDVWGKGTTVSVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	225.254 Å
晶胞边长 b length_b	95.298 Å
晶胞边长 c length_c	69.209 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	39.577 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1967
R_free r_free	0.2477

fit	/app/data/saxs_computation/vk/8vk1/8vk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vk/8vk1/8vk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vk/8vk1/8vk1.dat

X-ray crystal structure of human IgE 4C8 Fab complex with Der p 2.0103

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)