8vk6

14alpha-demethylase (CYP51) with amide-linked long arm extension antifungal azole inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vk6
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
结构标题 title	14alpha-demethylase (CYP51) with amide-linked long arm extension antifungal azole inhibitor
关键词 keywords	amide-linked azole inhibitor, CYP51, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.90 Å
零角强度 I(0) i0	113889000.00
分子量 molecular_weight	57772.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56637 Å³
包络体积 envelope_volume	95482 Å³
水化壳体积 shell_volume	30932 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.48 Å
包络 Rg envelope_rg	27.69 Å
形状 Rg shape_rg	25.92 Å
总 Rg total_rg	26.37 Å
总原子数 total_atoms	4387
残基数 n_residues	527
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	113900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6844
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.4810
最高正则化参数 α highest_alpha	11920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.976; Stabil: 0.992; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lanosterol 14-alpha demethylase
分子量 formula_weight	61885.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4532

MSATKSIVGEALEYVNIGLSHFLALPLAQRISLIIIIPFIYNIVWQLLYSLRKDRPPLVFYWIPWVGSAVVYGMKPYEFFEECQKKYGDIFSFVLLGRVMTVYLGPKGHEFVFNAKLADVSAEAAYAHLTTPVFGKGVIYDCPNSRLMEQKKFVKGALTKEAFKSYVPLIAEEVYKYFRDSKNFRLNERTTGTIDVMVTQPEMTIFTASRSLLGKEMRAKLDTDFAYLYSDLDKGFTPINFVFPNLPLEHYRKRDHAQKAISGTYMSLIKERRKNNDIQDRDLIDSLMKNSTYKDGVKMTDQEIANLLIGVLMGGQHTSAATSAWILLHLAERPDVQQELYEEQMRVLDGGKKELTYDLLQEMPLLNQTIKETLRMHHPLHSLFRKVMKDMHVPNTSYVIPAGYHVLVSPGYTHLRDEYFPNAHQFNIHRWNNDSASSYSVGEEVDYGFGAISKGVSSPYLPFGGGRHRCIGEHFAYCQLGVLMSIFIRTLKWHYPEGKTVPPPDFTSMVTLPTGPAKIIWEKRNPEQKIGGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae YJM789
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307796
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(2S)-2-(2,4-difluorophenyl)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]-4'-(trifluoromethoxy)[1,1'-biphenyl]-4-carboxamide
分子量 formula_weight	518.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	137

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.686 Å
晶胞边长 b length_b	65.537 Å
晶胞边长 c length_c	80.962 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	44.110 Å
R 因子 r_factor	0.1966
R_work r_work	0.1957
R_free r_free	0.2255

fit	/app/data/saxs_computation/vk/8vk6/8vk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vk/8vk6/8vk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vk/8vk6/8vk6.dat