8vp3

Cryo-EM structure of the ABC transporter PCAT1 bound with MgADP and Substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 125.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vp3
沉积日期 deposition_date	2024-01-16
最后修订 last_revision	2024-10-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ABC transporter PCAT1 bound with MgADP and Substrate
关键词 keywords	ABC transporter, Nucleotide, Membrane Protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.78 Å
零角强度 I(0) i0	366323000.00
分子量 molecular_weight	164640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	210360 Å³
包络体积 envelope_volume	281360 Å³
水化壳体积 shell_volume	62460 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.16 Å
包络 Rg envelope_rg	36.71 Å
形状 Rg shape_rg	37.81 Å
总 Rg total_rg	38.10 Å
总原子数 total_atoms	11560
残基数 n_residues	1464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	366300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8699
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.179
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.855

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	ABC-type bacteriocin transporter
分子量 formula_weight	83688.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11560

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMLRRLFKKKYVCVRQYDLTDCGAACLSSIAQYYGLKMSLAKIREMTGTDTQGTNAYGLIHAAKQLGFSAKGVKASKEDLLKDFRLPAIANVIVDNRLAHFVVIYSIKNRIITVADPGKGIVRYSMDDFCSIWTGGLVLLEPGEAFQKGDYTQNMMVKFAGFLKPLKKTVLCIFLASLLYTALGIAGSFYIKFLFDDLIKFEKLNDLHIISAGFAVIFLLQIFLNYYRSILVTKLGMSIDKSIMMEYYSHVLKLPMNFFNSRKVGEIISRFMDASKIRQAISGATLTIMIDTIMAVIGGILLYIQNSSLFFISFIIILLYGIIVTVFNKPIQNANRQIMEDNAKLTSALVESVKGIETIKSFGAEEQTEKSTRDKIETVMKSSFKEGMLYINLSSLTGIVAGLGGIVILWAGAYNVIKGNMSGGQLLAFNALLAYFLTPVKNLIDLQPLIQTAVVASNRLGEILELATEKELREDSDDFVISLKGDIEFRNVDFRYGLRKPVLKNINLTIPKGKTVAIVGESGSGKTTLAKLLMNFYSPEKGDILINGHSIKNISLELIRKKIAFVSQDVFIFSGTVKENLCLGNENVDMDEIIKAAKMANAHDFIEKLPLKYDTFLNESGANLSEGQKQRLAIARALLKKPDILILDEATSNLDSITENHIKDAIYGLEDDVTVIIIAHRLSTIVNCDKIYLLKDGEIVESGSHTELIALKGCYFKMWKQTENTLAS

来源 Source

来源生物 organism	Acetivibrio thermocellus ATCC 27405
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203119
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Bacteriocin-type signal sequence-containing protein
分子量 formula_weight	12725.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMSEAKKLNIGRELTDEELMEMTGGSTFSIQCQKDYTYKPSLPVVKYGVVIDEPEVVIKYGVGPIVGIKYGVEPIGPIQPMYGIKPVETLK

来源 Source

来源生物 organism	Acetivibrio thermocellus ATCC 27405
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203119
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxypropyl hexadecanoate
分子量 formula_weight	480.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	769646

fit	/app/data/saxs_computation/vp/8vp3/8vp3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vp/8vp3/8vp3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vp/8vp3/8vp3.dat

Cryo-EM structure of the ABC transporter PCAT1 bound with MgADP and Substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)