SAXSdb — 8vq2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vq2
沉积日期 deposition_date	2024-01-17
最后修订 last_revision	2024-08-28
结构标题 title	HSV1 polymerase ternary complex with dsDNA and compound 44
关键词 keywords	Herpesvirus Polymerase Complex Inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.40 Å
零角强度 I(0) i0	923862000.00
分子量 molecular_weight	243390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	300790 Å³
包络体积 envelope_volume	427040 Å³
水化壳体积 shell_volume	77311 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.63 Å
包络 Rg envelope_rg	45.20 Å
形状 Rg shape_rg	45.42 Å
总 Rg total_rg	45.55 Å
总原子数 total_atoms	17099
残基数 n_residues	2138
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	923800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8746
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.357
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.798

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	129637.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17099

LEVLFQGPNFYNPYLAPVGTQQKPTGPTQRHTYYSECDEFRFIAPRVLDEDAPPEKRAGVHDGHLKRAPKVYCGGDERDVLRVGSGGFWPRRSRLWGGVDHAPAGFNPTVTVFHVYDILENVEHAYGMRAAQFHARFMDAITPTGTVITLLGLTPEGHRVAVHVYGTRQYFYMNKEEVDRHLQCRAPRDLCERMAAALRESPGASFRGISADHFEAEVVERTDVYYYETRPALFYRVYVRSGRVLSYLCDNFCPAIKKYEGGVDATTRFILDNPGFVTFGWYRLKPGRNNTLAQPRAPMAFGTSSDVEFNCTADNLAIEGGMSDLPAYKLMCFDIACKAGGEDELAFPVAGHPEDLVIQISCLLYDLSTTALEHVLLFSLGSCDLPESHLNELAARGLPTPVVLEFDSEFEMLLAFMTLVKQYGPEFVTGYNIINFDWPFLLAKLTDIYKVPLDGYGRMNGRGVFRVWDIGQSHFQKRSKIKVNGMVNIDMYGIITDKIKLSSYKLNAVAEAVLKDKKKDLSYRDIPAYYAAGPAQRGVIGEYCIQDSLLVGQLFFKFLPHLELSAVARLAGINITRTIYDGQQIRVFTCLLRLADQKGFILPDTQGRFRGAGGEAPKRPAAAREDEERPEEEGEDEDEREEGGGEREPEGARETAGRHVGYQGARVHDPTSGFHVNPVVGFDFASLYPSIIQAHNLCFSTLSLRADAVAHLEAGKDYLEIEVGGRRLFFVKAHVRESLLSILLRDWLAMRKQIRSRIPQSSPEEAVLLDKQQAAIKVVCNSVYGFTGVQHGLLPCLHVAATVTTIGREMLLATREYVHARWAAFEQLLADFPEAADMRAPGPYSMRIIYGDTDSIFVLCRGLTAAGLTAMGDKMASHISRALFLPPIKLECEKTFTKLLLIAKKKYIGVIYGGKMLIKGVDLVRKNNCAFINRTSRALVDLLFYDDTVSGAAAALAERPAEEWLARPLPEGLQAFGAVLVDAHRRITDPERDIQDFVLTAELSRHPRAYTNKRLAHLTVYYKLMARRAQVPSIKDRIPYVIVAQTREVEETVARLAALRELDAAAPGDEPAPPAALPSPAKRPRETPSHADPPGGASKPRKLLVSELAEDPAYAIAHGVALNTDYYFSHLLGAACVTFKALFGNNAKITESLLKRFIPEVWH

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 1
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPGPTPAPGPGPGPGPAPAPGPGPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4754.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

TGGTAGGGGAAGGAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPCPCPTPTPCPCPCPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3822.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

ATCCTTCCCCTAC

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(4-bromophenyl)-N-(3-methoxy-4-{[(4S)-2-oxo-1,3-oxazolidin-4-yl]methyl}phenyl)acetamide
分子量 formula_weight	419.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	180.628 Å
晶胞边长 b length_b	180.628 Å
晶胞边长 c length_c	231.875 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.829 Å
最低分辨率 resolution_low	43.809 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2269

fit	/app/data/saxs_computation/vq/8vq2/8vq2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vq/8vq2/8vq2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vq/8vq2/8vq2.dat

HSV1 polymerase ternary complex with dsDNA and compound 44

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)