SAXSdb — 8vsp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vsp
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DQ
关键词 keywords	Antigen presentation, membrane protein, trimeric complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.52 Å
零角强度 I(0) i0	399071000.00
分子量 molecular_weight	161170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201030 Å³
包络体积 envelope_volume	294210 Å³
水化壳体积 shell_volume	62552 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.62 Å
包络 Rg envelope_rg	39.27 Å
形状 Rg shape_rg	39.58 Å
总 Rg total_rg	39.62 Å
总原子数 total_atoms	11388
残基数 n_residues	1476
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	399100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8714
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.853

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
分子量 formula_weight	31599.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	11388

MILNKALMLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLGRKETVWCLPVLRQFRFDPQFALTNIAVLKHNLNSLIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNILICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTLLPSAEESYDCKVEHWGLDKPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLVGIVVGTVFIIRGLRSVGASRHQGPLAAALEVLFQGPGAAEDQVDPRLIDGKHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalia

Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
分子量 formula_weight	33798.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

MSWKKALRIPGGLRAATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKAMCYFTNGTERVRYVTRYIYNREEYARFDSDVEVYRAVTPLGPPDAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQHGDVYTCHVEHPSLQNPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLIFLGLGLIIHHRSQKGLLHAAALEVLFQGPGAAEDQVDPRLIDGKHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalia

Entity 3 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
分子量 formula_weight	34901.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

MDYKDDDDAGTSRHRRRSRSCREDQKPVMDDQRDLISNNEQLPMLGRRPGAPESKCSRGALYTGFSILVTLLLAGQATTAYFLYQQQGRLDKLTVTSQNLQLENLRMKLPKPPKPVSKMRMATPLLMQALPMGALPQGPMQNATKYGNMTEDHVMHLLQNADPLKVYPPLKGSFPENLRHLKNTMETIDWKVFESWMHHWLLFEMSRHSLEQKPTDAPPKVLTKCQEEVSHIPAVHPGSFRPKCDENGNYLPLQCYGSIGYCWCVFPNGTEVPNTRSRGHHNCSESLELEDPSSGLGVTKQDLGPVPM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalia

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.12 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	421582

fit	/app/data/saxs_computation/vs/8vsp/8vsp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vs/8vsp/8vsp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vs/8vsp/8vsp.dat

Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DQ

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)