8vsr

Co-crystal structure of Prx with Esub1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vsr
沉积日期 deposition_date	2024-01-24
结构标题 title	Co-crystal structure of Prx with Esub1
关键词 keywords	Bacteriophage, quorum sensing, Streptococcus pyogenes, paratox, protein binding, ComR, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.87 Å
零角强度 I(0) i0	47746900.00
分子量 molecular_weight	56322.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71392 Å³
包络体积 envelope_volume	99753 Å³
水化壳体积 shell_volume	26537 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.42 Å
包络 Rg envelope_rg	30.93 Å
形状 Rg shape_rg	31.85 Å
总 Rg total_rg	32.55 Å
总原子数 total_atoms	8045
残基数 n_residues	489
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6090
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.819
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6624000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.096; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Prx
分子量 formula_weight	8095.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8168

MLYIDEFKEAIDKGYILGDTVAIVRKNGKIFDYVLPHEKVRDDEVVTVERVEEVMVELDKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes MGAS315
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	198466
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Esub1
分子量 formula_weight	22654.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MADSREKVTLGTVVDCFKGKAVSSKVVPGDVGLINLSDMGTLGIQYHQLRTFQMDRRQLLRYLLEDGDVLIASKGTLKKVCVFHKQNRDVVASSNITVLRPQKLLRGYYIKFFLDSPIGQALLDAADHGKDVINLSTKELLDIPIPVIPLVKQDYLINHYLRGLTDYHRKLNRAEQEWEYIQNEIQKGLGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes MGAS315
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	198466
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.494 Å
晶胞边长 b length_b	67.494 Å
晶胞边长 c length_c	232.208 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	38.700 Å
R 因子 r_factor	0.2298
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2654

fit	/app/data/saxs_computation/vs/8vsr/8vsr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vs/8vsr/8vsr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vs/8vsr/8vsr.dat

Co-crystal structure of Prx with Esub1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)