8vu3

Cryo-EM structure of cyanobacterial PSI with bound platinum nanoparticles

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 188.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vu3
沉积日期 deposition_date	2024-01-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of cyanobacterial PSI with bound platinum nanoparticles
关键词 keywords	photosynthesis, cyanobacteria, biohybrid, platinum nanoparticles, hydrogen production, photosystem I, solar fuel; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.73 Å
零角强度 I(0) i0	8844290000.00
分子量 molecular_weight	1005700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1331600 Å³
包络体积 envelope_volume	1557800 Å³
水化壳体积 shell_volume	179440 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.8 Å
壳层 Rg shell_rg	74.22 Å
包络 Rg envelope_rg	67.44 Å
形状 Rg shape_rg	67.77 Å
总 Rg total_rg	67.64 Å
总原子数 total_atoms	71694
残基数 n_residues	6786
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.2 Å
Rg (实空间) rg_real	68.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4640e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8855000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8452
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.737
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1656000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83195.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,a
原子数 atom_count	71694

MTISPPEREPKVRVVVDNDPVPTSFEKWAKPGHFDRTLARGPQTTTWIWNLHALAHDFDTHTSDLEDISRKIFSAHFGHLAVVFIWLSGMYFHGAKFSNYEAWLADPTGIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFQLWRASGITNEFQLYCTAIGGLVMAGLMLFAGWFHYHKRAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSLPINQLLDAGVAAKDIPLPHEFILNPSLMAELYPNINWGVFSGVIPFFTFNWAAYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHVAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSLKEILEAHKGPFTGTGHKGLYEVLTTSWHAQLAINLAMMGSLSIIVAQHMYAMPPYPYLATDYPTQLSLFTHHMWIGGFLIVGGAAHGAIFFVRDYDPAVNQNNVLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYVHNDTMRAFGRPQDMFSDTGIQLQPVFAQWVQHLHTLAPGGTAPNAAATASVAFGGDVVAVGGKVAMMPIALGTADFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNCISVVIFHFSWKMQSDVWGTVAPDGTVSHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIGSYGSALSAYGLLFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIISVG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	83152.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,b

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYAIATAHDFESHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWVSGSLFHVAWQGNFEQWIQDPLNTRPIAHAIWDPQFGKAAVDAFTQAGASSPVDIAYSGVYHWWYTIGMRTNGDLYQGAIFLLVLASLALFAGWLHLQPKFRPSLSWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLIHVAIPESRGQHVGWDNFLSTMPHPAGLAPFFTGNWGVYAQNPDTASHVFGTSQGAGSAILTFLGGFHPQTESLWLTDMAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTQFGIGHSIKEMMDAKDFFGTKVEGPFNMPHQGIYETYNNSLHFQLGWHLACLGVITSLVAQHMYSLPPYAFIAQDHTTMAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFLVRDYDPVQNKGNVLDRVLQHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQFIQAAHGKLLYGFDTLLSNPDSIAATAWPNYGNVWLPGWLDAINSGNNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYAFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHLGVWEGNVAQFNENSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGTNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYVLTYAAFLIASTASKYG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8809.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,N,c

MAHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAGQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15408.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,O,d

MTTLTGQPPLYGGSTGGLLSKADIEEKYAITWTSPKEQVFEMPTAGAAVMREGENLVYLARKEQCLALAAQQLRPRKINDYKIYRIFPDGETVLLHPKDGVFPEKVNQGREAVNTVPRSIGQNPNPAQLKFSGKKPYDP

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8238.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P,e

MVQRGSKVRILRPESYWYNEIGTVASVDQSGIKYPVIVRFDKVNYTGFSGSAGGVNTNNFALSEVEEVSAPKKGK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	17654.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,Q,f

MRRLLALLLVLSLWIGFTPLASADVAGLVPCKDSPAFQKRAAAAVNTTADPASGQKRFERYSQALCGEDGLPHLVVDGRLSRAGDFLIPSALFLFITGWIGWVGRAYLIAVRNSGEANEKEIIIDVPLAIKCMLTGFAWPLAALKELASGELTAKDNEITVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4480.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,R,i

MMGSYAASFLPWIFIPVVCWLMPVVVMGLLFLYIEGDAQA

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4965.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,S,j

MQTKHLLTYLSTAPVLAALWMTITAGILIEFNRFYPDLLFHPL

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	8471.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,T,k

MVLATLPDTTWSPAVGLVVILCNLFAIAIGRYAIQSRGKGPGLPVSLPALFEGFGLPELLATTSFGHLLAAGVVSGLQYSGAL

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16233.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,U,l

MADELVKPYNGDPFAGHLSTPISDSGLVKTFISNLPAYRQGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWVKLGPLRDSDVANLGGLISGITLILLATACLAAYGLVSFQKASSSGDALKTGEGWSQFTAGFFVGAMGGAFVAFFLLENFAVVDGIMKGLFN

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3410.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,V,m

MALTDTQVYIALVIALLPAVLAFRLSAELYK

Entity 12 polymer

描述 description	Phosphorylase
分子量 formula_weight	4135.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,X,x

MATKSAKPTYTFRTFWAVLLLAINFLVAAYYFGILK

Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	285

Entity 15 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 16 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 17 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	66

Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.27 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189655

fit	/app/data/saxs_computation/vu/8vu3/8vu3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/8vu3/8vu3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/8vu3/8vu3.dat

Cryo-EM structure of cyanobacterial PSI with bound platinum nanoparticles

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)