8vuo

Crystal structure of SARS-CoV-2 nsp16/nsp10 in complex with Cap-1 RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vuo
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 nsp16/nsp10 in complex with Cap-1 RNA
关键词 keywords	;2'-O methyltransferase, allosteric regulation, RNA methylation, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.38 Å
零角强度 I(0) i0	156875000.00
分子量 molecular_weight	96277.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118880 Å³
包络体积 envelope_volume	149770 Å³
水化壳体积 shell_volume	39066 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.92 Å
包络 Rg envelope_rg	31.41 Å
形状 Rg shape_rg	31.38 Å
总 Rg total_rg	31.99 Å
总原子数 total_atoms	6697
残基数 n_residues	844
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7072
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.639
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	2'-O-methyltransferase
分子量 formula_weight	33355.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7218

SSQAWQPGVAMPNLYKMQRMLLEKCDLQNYGDSATLPKGIMMNVAKYTQLCQYLNTLTLAVPYNMRVIHFGAGSDKGVAPGTAVLRQWLPTGTLLVDSDLNDFVSDADSTLIGDCATVHTANKWDLIISDMYDPKTKNVTKENDSKEGFFTYICGFIQQKLALGGSVAIKITEHSWNADLYKLMGHFAWWTAFVTNVNASSSEAFLIGCNYLGKPREQIDGYVMHANYIFWRNTNPIQLSSYSLFDMSKFPLKLRGTAVMSLKEGQINDMILSLLSKGRLIIRENNRVVISSDVLVNN

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Non-structural protein 10
分子量 formula_weight	14802.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AGNATEVPANSTVLSFCAFAVDAAKAYKDYLASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFCDLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLKNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APUPUPAPAPAPGPGPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3201.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

AUUAAAGGUU

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	458.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	515

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.747 Å
晶胞边长 b length_b	58.893 Å
晶胞边长 c length_c	117.021 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.390 Å
最低分辨率 resolution_low	29.700 Å
R 因子 r_factor	0.1819
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2186

fit	/app/data/saxs_computation/vu/8vuo/8vuo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/8vuo/8vuo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/8vuo/8vuo.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 nsp16/nsp10 in complex with Cap-1 RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)