SAXSdb — 8vuv

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vuv
沉积日期 deposition_date	2024-01-29
结构标题 title	Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
关键词 keywords	Receptor, antibody, ion channel, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.41 Å
零角强度 I(0) i0	224828000.00
分子量 molecular_weight	121700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151970 Å³
包络体积 envelope_volume	220950 Å³
水化壳体积 shell_volume	45682 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.24 Å
包络 Rg envelope_rg	43.36 Å
形状 Rg shape_rg	43.40 Å
总 Rg total_rg	43.47 Å
总原子数 total_atoms	8586
残基数 n_residues	1154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	224700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5460
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.530
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.759; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	41549.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8586

DPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYNWNHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNMTGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	007-168 Heavy
分子量 formula_weight	22522.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEAKKPGESLKISCKASGYSFTTFWIGWVRQMPGSGLEWIGIIYPGDSDTRYSPSFQGHVTISADRSTSTAYLQWSSLKASDTAMYYCARSAVFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	007-168 Light
分子量 formula_weight	23456.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVMTQSPATLSVSPGGRATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPVRFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWPTSWTFGQGTKLEIKRTAAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	40358.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEEGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	270651

fit	/app/data/saxs_computation/vu/8vuv/8vuv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/8vuv/8vuv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/8vuv/8vuv.dat

Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)