8vvl

CCHFV GP38 bound to c13G8 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vvl
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	CCHFV GP38 bound to c13G8 Fab
关键词 keywords	CCHFV, GP38, Antibody, Immunology, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.29 Å
零角强度 I(0) i0	87296200.00
分子量 molecular_weight	74207.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92612 Å³
包络体积 envelope_volume	124430 Å³
水化壳体积 shell_volume	31799 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.39 Å
包络 Rg envelope_rg	37.78 Å
形状 Rg shape_rg	37.23 Å
总 Rg total_rg	37.46 Å
总原子数 total_atoms	5200
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5383
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.691
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.183
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8402000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.344; Smooth: 0.435

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	GP38
分子量 formula_weight	30241.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5823

NLKMEIILTLSQGLKKYYGKILRLLQLTLEEDTEGLLEWCKRNLGLDCDDTFFQKRIEEFFITGEGHFNEVLQFRTPGTLSTTESTPAGLPTAEPFKSYFAKGFLSIDSGYYSAKCYSGTSNSGLQLINITRHSTRIVDTPGPKITNLKTINCINLKASIFKEHREVEINVLLPQVAVNLSNCHVVIKSHVCDYSLDIDGAVRLPHIYHEGVFIPGTYKIVIDKKNKLNDRCTLFTDCVIKGREVRKGQSVLRQYKTEIRIGKASTGS

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	c13G8 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24215.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYGIHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGYTKYNSALMSRLSMSKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAMYYCARDEVRRDYYAMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	c13G8 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23126.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCWASSGVSYMHWYQQKPGSSPKPWIFATSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWSFNPLTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	623

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.429 Å
晶胞边长 b length_b	67.629 Å
晶胞边长 c length_c	140.983 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.160 Å
R 因子 r_factor	0.2004
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2153

fit	/app/data/saxs_computation/vv/8vvl/8vvl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vv/8vvl/8vvl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vv/8vvl/8vvl.dat

CCHFV GP38 bound to c13G8 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)