SAXSdb — 8vz8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vz8
沉积日期 deposition_date	2024-02-11
结构标题 title	Crystal structure of mouse MAIT M2B TCR-MR1-5-OP-RU complex
关键词 keywords	Mouse MAIT TCR recognition of MR1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.54 Å
零角强度 I(0) i0	107671000.00
分子量 molecular_weight	82130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102010 Å³
包络体积 envelope_volume	140450 Å³
水化壳体积 shell_volume	35278 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.32 Å
包络 Rg envelope_rg	37.36 Å
形状 Rg shape_rg	36.53 Å
总 Rg total_rg	36.70 Å
总原子数 total_atoms	5812
残基数 n_residues	777
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7640
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.700
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.041
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.601; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.524; Smooth: 0.601

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Major histocompatibility complex class I-related gene protein
分子量 formula_weight	31709.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5821

TRTHSLRYFRLAVSDPGPVVPEFISVGYVDSHPITTYDSVTRQKEPKAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQTFKAELRHLQRHYNHSGLHTYQRMIGCELLEDGSTTGFLQYAYDGQDFIIFNKDTLSWLAMDYVAHITKQAWEANLHELQYQKNWLEEECIAWLKRFLEYGRDTLERTEHPVVRTTRKETFPGITTFFCRAHGFYPPEISMTWMKNGEEIAQEVDYGGVLPSGDGTYQTWLSVNLDPQSNDVYSCHVEHSGRQMVLEAP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11731.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Mouse MAIT TRAV1-TRAJ33 a-chain
分子量 formula_weight	22650.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGQGVEQPAKLMSVEGTFARVNCTYSTSGFNGLSWYQQREGQAPVFLSYVVLDGLKDSGHFSTFLSRSNGYSYLLLTELQIKDSASYLCAVRDSNYQLIWGSGTKLIIKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Mouse MAIT MBV13-2B b-chain
分子量 formula_weight	27169.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDNWGGAETLYFGSGTRLTVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol
分子量 formula_weight	316.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.486 Å
晶胞边长 b length_b	84.635 Å
晶胞边长 c length_c	166.067 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	43.640 Å
R 因子 r_factor	0.2585
R_work r_work	0.2561
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/vz/8vz8/8vz8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vz/8vz8/8vz8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vz/8vz8/8vz8.dat

Crystal structure of mouse MAIT M2B TCR-MR1-5-OP-RU complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)