8vzb

;Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, D-Lactyl-CoA, and ADP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vzb
沉积日期 deposition_date	2024-02-11
最后修订 last_revision	2024-10-02
结构标题 title	;Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, D-Lactyl-CoA, and ADP ;
关键词 keywords	2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase, acyloin condensation, oxalyl-CoA decarboxylase, SBC, eBERlight, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.30 Å
零角强度 I(0) i0	972613000.00
分子量 molecular_weight	246230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	304080 Å³
包络体积 envelope_volume	368670 Å³
水化壳体积 shell_volume	76737 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.09 Å
包络 Rg envelope_rg	37.40 Å
形状 Rg shape_rg	37.30 Å
总 Rg total_rg	37.77 Å
总原子数 total_atoms	17242
残基数 n_residues	2231
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	972800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7667
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	50.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	362800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Oxalyl-CoA decarboxylase
分子量 formula_weight	59951.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18767

YFQSNAMAKSEGKVNGATLMARALQQQGVQYMFGIVGFPVIPIAIAAQREGITYIGMRNEQSASYAAQAASYLTGRPQACLVVSGPGVVHALAGLANAQVNCWPMLLIGGASAIEQNGMGAFQEERQVLLASPLCKYAHQVERPERIPYYVEQAVRSALFGRPGAAYLDMPDDVILGEVEEAAVRPAATVGEPPRSLAPQENIEAALDALQSAKRPLVIVGKGMAWSRAENEVRQFIERTRLPFLATPMGKGVMPDDHPLSVGGARSHALQEADLVFLLGARFNWILHFGLPPRYSKDVRVIQLDLSAEEIGNNRQAEVALVGDGKAIVGQLNQALSSRQWFYPAETPWREAIAAKIAGNQAAVAPMIADNTSPMNYYRVYRDIAARLPRNAIIVGEGANTMDIGRTQMPNFEPRSRLDAGSYGTMGIGLGFAVAAAAVHPGRPVIAVQGDSAFGFSGMEFETAARYGMPIKVIILNNGGIGMGSPAPRDGQPGMPHALSHDARYERIAEAFGGAGFYVTDSAELGPALDAAMAFKGPAIVNIKIAATADRKPQQFNWHG

来源 Source

来源生物 organism	Alphaproteobacteria bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1913988
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	442.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	;S-{(3S,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (2R)-2-hydroxypropanethioate ;
分子量 formula_weight	839.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	ACETYL GROUP
分子量 formula_weight	44.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1477

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.709 Å
晶胞边长 b length_b	178.005 Å
晶胞边长 c length_c	196.111 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	47.270 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1791
R_free r_free	0.2181

fit	/app/data/saxs_computation/vz/8vzb/8vzb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vz/8vzb/8vzb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vz/8vzb/8vzb.dat