8vzf

;Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, Coenzyme A, and ADP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vzf
沉积日期 deposition_date	2024-02-11
最后修订 last_revision	2024-10-02
结构标题 title	;Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, Coenzyme A, and ADP ;
关键词 keywords	2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase, acyloin condensation, oxalyl-CoA decarboxylase, SBC, eBERlight, Lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.30 Å
零角强度 I(0) i0	949770000.00
分子量 molecular_weight	245110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	303510 Å³
包络体积 envelope_volume	369570 Å³
水化壳体积 shell_volume	76846 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.11 Å
包络 Rg envelope_rg	37.45 Å
形状 Rg shape_rg	37.32 Å
总 Rg total_rg	37.75 Å
总原子数 total_atoms	17183
残基数 n_residues	2227
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	949900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.106
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	339600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase
分子量 formula_weight	59788.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17550

FQSNAMAKSEGKVNGATLMARALQQQGVQYMFGIVGFPVIPIAIAAQREGITYIGMRNEQSASYAAQAASYLTGRPQACLVVSGPGVVHALAGLANAQVNCWPMLLIGGASAIEQNGMGAFQEERQVLLASPLCKYAHQVERPERIPYYVEQAVRSALFGRPGAAYLDMPDDVILGEVEEAAVRPAATVGEPPRSLAPQENIEAALDALQSAKRPLVIVGKGMAWSRAENEVRQFIERTRLPFLATPMGKGVMPDDHPLSVGGARSHALQEADLVFLLGARFNWILHFGLPPRYSKDVRVIQLDLSAEEIGNNRQAEVALVGDGKAIVGQLNQALSSRQWFYPAETPWREAIAAKIAGNQAAVAPMIADNTSPMNYYRVYRDIAARLPRNAIIVGEGANTMDIGRTQMPNFEPRSRLDAGSYGTMGIGLGFAVAAAAVHPGRPVIAVQGDSAFGFSGMEFETAARYGMPIKVIILNNGGIGMGSPAPRDGQPGMPHALSHDARYERIAEAFGGAGFYVTDSAELGPALDAAMAFKGPAIVNIKIAATADRKPQQFNWHG

来源 Source

来源生物 organism	Alphaproteobacteria bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1913988
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;S-{(9R,13S,15R)-17-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-9,13,15-TRIHYDROXY-10,10-DIMETHYL-13,15-DIOXIDO-4,8-DIOXO-12,14,16-TRIOXA-3,7-DIAZA-13,15-DIPHOSPHAHEPTADEC-1-YL} THIOFORMATE ;
分子量 formula_weight	795.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	336

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.800 Å
晶胞边长 b length_b	178.131 Å
晶胞边长 c length_c	196.482 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	47.350 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2073
R_free r_free	0.2472

fit	/app/data/saxs_computation/vz/8vzf/8vzf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vz/8vzf/8vzf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vz/8vzf/8vzf.dat