8vzn

Cryo-EM structure of FLVCR2 in the inward-facing state with choline bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 104.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vzn
沉积日期 deposition_date	2024-02-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of FLVCR2 in the inward-facing state with choline bound
关键词 keywords	Choline transporter, blood-brain barrier, membrane protein, MFS fold, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.91 Å
零角强度 I(0) i0	59701200.00
分子量 molecular_weight	65918.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84536 Å³
包络体积 envelope_volume	101870 Å³
水化壳体积 shell_volume	29890 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.30 Å
包络 Rg envelope_rg	30.63 Å
形状 Rg shape_rg	29.89 Å
总 Rg total_rg	30.49 Å
总原子数 total_atoms	4656
残基数 n_residues	596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8385
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.533
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.704; Smooth: 0.941

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 2
分子量 formula_weight	60103.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4656

MVNESLNQEESNDRPAPESEFQMDTSYSTQPSGSIHPSVSGHPSVSGHPSVSGHPSVSIHPSVSIDPSVSVRPSSSALPSTLAQPSGLTHHSSLVREDSVIKVSKRRWVVVLVFSCYSLCNAFQWIQYGSINNIFMNFYGVSAFAIDWLSMCYMLTYIPLLLPVAWMLEKFGLRTIAITGSALNCLGAWVKLGSLEPHLFPVTMVGQVICSVAQVFILGMPSRIASVWFGADEVSTACSVAVFGNQLGIAIGFLVPPVLVPNIKDPEKLAYHISIMFYIIGGVATFLFILVIIVFKEKPKHPPSRAQSLSYALATTDASYLSSIVRLFKNLNFVLLVITYGLNAGAFYALSTLLNRMVILHFPGEEVNAGRIGLTIVIAGMFGAMISGIWLDKSKTYKETTLVVYIMTLVGMVVYTFTLNLNHLWVVFITAGTLGFFMTGYLPLGFEFAVELTYPESEGVSSGLLNVSAQVFGIVFTISQGQIIDNHGTMFGNIFLCVFLALGSALTAFIKSDLRRQRANKDAPETKVQEEEEEEEGSNTSKVPVVSEAHL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab FLV9 heavy chain
分子量 formula_weight	25767.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVSSSYIHWVRQAPGKGLEWVASIYPYSGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARKQYNWPWPYIHSRYWGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Fab FLV9 light chain
分子量 formula_weight	23290.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYGSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLINE ION
分子量 formula_weight	104.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.77 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	308701

fit	/app/data/saxs_computation/vz/8vzn/8vzn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vz/8vzn/8vzn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vz/8vzn/8vzn.dat

Cryo-EM structure of FLVCR2 in the inward-facing state with choline bound

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)